关于公司调休扣双倍工资是否合法的问题，我的结论是：这主要取决于具体的加班时间点、用人单位的补偿方式以及劳动合同和公司规章制度的具体规定。 以下是我从不同角度进行的详细分析：
法律依据与常规情况
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：
- 该条款明确规定了加班工资的支付标准。对于休息日安排工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，在休息日加班后，如果用人单位已经支付了双倍工资，随后又以调休为由扣除这部分工资，这是违法的。因为双倍工资是对休息日额外劳动的补偿，一旦支付便不能随意扣除。
调休的合法性：
- 调休本身是一种合法的补偿方式，用于替代加班工资。但是，调休不能成为用人单位随意扣除工资的理由。特别是在休息日加班后，如果用人单位已经支付了双倍工资，再以调休为由扣除工资，就违反了法律规定。
不同情形下的合法性分析
工作日加班后调休：
- 在工作日加班后，如果用人单位安排了调休，则无需再支付加班工资。因为调休是替代加班工资的一种合法补偿方式。此时，若用人单位以调休为由扣除已支付或应支付的加班工资（虽然工作日加班通常不涉及双倍工资，但此处为说明调休与工资扣除的关系），是不合法的。不过，针对您的问题，这种情况不直接涉及双倍工资扣除，但说明了调休与工资支付的基本原则。
休息日加班后调休：
- 如前所述，休息日加班后，如果用人单位已经支付了双倍工资，再以调休为由扣除这部分工资是违法的。如果用人单位未支付双倍工资而安排了调休，则调休是合法的补偿方式，但此时不存在扣除双倍工资的问题。
法定节假日加班：
- 法定节假日的加班必须支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且不能用调休来替代。因此，在法定节假日加班后，如果用人单位仅提供调休而未支付加班工资，这是不合法的。不过，这种情况也不直接涉及调休扣双倍工资的问题，但强调了法定节假日加班工资的特殊性。
劳动合同与公司规章制度的影响
- 劳动合同：如果劳动合同中明确规定了调休和工资支付的相关条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位应按照劳动合同的约定执行。
- 公司规章制度：公司规章制度中若明确规定了特定条件下调休扣工资的条款，且该规章制度经过合法程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并已向劳动者公示或告知，同时不违反法律法规的强制性规定，则在符合规定的条件下扣工资可能被认定为合法。但这种情况较为特殊，且通常不会涉及休息日加班后的双倍工资扣除。
劳动者权益保护建议
- 保留证据：劳动者应保留好加班记录、工资单等相关证据，以便在需要时提供证明。
- 协商沟通：如果劳动者遇到调休扣双倍工资等不合理情况，首先应与用人单位进行协商沟通，要求其改正。
- 投诉与仲裁：若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，公司调休扣双倍工资是否合法，主要取决于具体的加班时间点、用人单位的补偿方式以及劳动合同和公司规章制度的具体规定。 在大多数情况下，未经明确约定且未违反法律法规的前提下，直接扣除双倍工资是不合理且不合法的。如果您遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。