结论：欠农民工工资六千元，即使已经三年了，仍然可以起诉。但需注意诉讼时效的问题，并准备好相关证据。

详细分析：

1. 诉讼时效问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从权利被侵害之日起算，如果三年内没有提起诉讼，可能会面临丧失胜诉权的风险。然而，这并不意味着超过三年就绝对不能起诉，而是如果对方提出诉讼时效抗辩，且法院认定抗辩成立，那么原告可能会败诉。
   • 在实际操作中，如果农民工能够证明在三年内曾向雇主主张过权利（如通过电话、短信、邮件、书面催告等方式），或者存在其他诉讼时效中断、中止的情形（如雇主承诺还款但未履行、农民工因不可抗力无法起诉等），那么诉讼时效可能会重新计算或延长。

2. 起诉条件与准备：

   • 农民工作为原告，需要准备充分的证据来证明雇主拖欠工资的事实，如劳动合同、工资条、工作记录、同事证言等。这些证据将有助于法院认定案件事实，并作出公正的判决。
   • 农民工还需要撰写起诉状，明确诉讼请求（如要求雇主支付拖欠的工资及可能的利息或违约金）、事实和理由，并提交给有管辖权的人民法院。

3. 法律后果与建议：

   • 如果农民工胜诉，法院将判决雇主支付拖欠的工资及可能的利息或违约金。如果雇主拒不履行判决，农民工还可以申请法院强制执行。
   • 鉴于诉讼时效的重要性，我建议农民工尽快采取行动，咨询专业律师（如我，张健律师，专注于劳动纠纷领域），了解具体的法律程序和策略，并准备好相关证据材料。同时，也可以尝试与雇主进行协商，看是否能够达成和解协议，以更快地解决纠纷。

行动建议：

• 立即收集并整理相关证据材料，包括劳动合同、工资条、工作记录等。
• 咨询专业律师（如我），了解具体的法律程序和策略。
• 尝试与雇主进行协商，看是否能够达成和解协议。
• 如果协商无果，且诉讼时效尚未届满或存在中断、中止的情形，及时向人民法院提起诉讼。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。