对于调查不清的案件，其最终处理方式会依据案件的性质（刑事、民事或行政）以及所处的诉讼阶段而有所不同。以下是对这类案件处理方式的详细解释：
一、总体处理原则
在处理调查不清的案件时，首要任务是尽力调查和收集证据，以明确案件事实。如果确实无法查明，且缺乏追诉或继续审理的必要，那么将依法作出相应决定，如不起诉、撤销案件或调解等，以确保法律的公正与效率。
二、刑事案件的处理
侦查阶段：
- 如果案件事实不清、证据不足，公安机关会进行补充侦查，以完善证据链条。补充侦查的次数一般以二次为限，每次期限通常为一个月。
- 如果经过侦查发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，那么会撤销案件；如果犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放，并通知原批准逮捕的人民检察院。
审查起诉阶段：
- 人民检察院可以要求公安机关提供必要的证据材料，对证据收集的合法性进行说明，并可以退回公安机关补充侦查或自行侦查。
- 对于经过二次补充侦查后仍认为证据不足的案件，人民检察院应作出不起诉决定，这体现了“疑罪从无”的原则。
审判阶段：
- 合议庭会根据已查明的事实、证据和法律规定进行裁决。如果证据不足不能认定被告人有罪，那么应作出无罪判决，以保障被告人的合法权益。
三、民事案件的处理
举证责任分配：
- 民事案件遵循“谁主张，谁举证”的原则。当事人需要对自己提出的主张提供证据加以证明。如果负有举证责任的一方无法提供足够证据，那么将承担不利的法律后果。
法院调查取证：
- 在特定情形下，人民法院有权调查收集当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者审理案件所需的证据，以查明案件事实。
事实不清时的裁判：
- 法院会依据现有证据和举证责任分配作出裁判。如果证据不足不能认定当事人主张成立，那么法院将不支持该诉求。
调解优先：
- 在民事纠纷中，如果案件事实难以查清，法院会优先考虑调解，以促进双方和解，减少诉讼成本。
四、行政案件的处理
被告举证责任：
- 在行政诉讼中，一般由被告（行政机关）承担举证责任，提供作出行政行为的证据和所依据的规范性文件。如果行政机关不能证明其行政行为合法，那么法院将判决撤销或部分撤销该行政行为。
原告举证：
- 原告在行政诉讼中也有一定的举证责任，如证明起诉符合法定条件等。但与被告相比，原告的举证责任相对较轻。
法院裁决：
- 当案件事实查不清时，如果行政机关无法履行其主要举证责任，法院通常会作出不利于行政机关的判决，以保障公民、法人和其他组织的合法权益，并监督行政机关依法行政。
综上所述，对于调查不清的案件，无论是刑事案件、民事案件还是行政案件，都需要严格遵循法律规定和程序进行处理。通过尽力调查和收集证据、合理分配举证责任、依法作出裁决或调解等方式，确保法律的公正、效率和权威。