起诉停运费并不需要等待修车费用报销完毕后再进行，二者可以分别主张，互不影响。以下是详细分析：

1. 停运费与修车费用的性质不同
   停运费属于因车辆停运导致的间接损失，通常根据车辆实际停运时间、运营成本、预期收益等因素计算；修车费用则是直接损失，以实际维修发票或定损金额为准。两者在法律上属于不同的赔偿项目，可独立主张。

2. 诉讼程序上的独立性
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，原告有权在诉讼中同时主张多项损失。若因交通事故导致车辆损坏并停运，您可在起诉时一并要求赔偿修车费用和停运费，无需等待修车费用报销完成。法院会根据证据分别审查并判决。

3. 实务操作建议

   • 证据准备：需提供修车发票、维修清单（证明修车费用），以及运营合同、收入证明、停运时间证明（如交警事故认定书、维修厂出具的进出厂时间证明）等材料，以支持停运费主张。
     
   • 诉讼策略：若修车费用尚未确定，可先起诉停运费，后续通过补充证据或另行起诉主张修车费用；但为提高效率，建议一次性主张全部损失。
     
   • 保险理赔影响：若涉及保险公司理赔，需注意保险条款是否覆盖停运费。部分保险公司可能以“间接损失免责”为由拒赔，此时需直接向侵权方（如肇事司机）主张。

总结：停运费与修车费用可同时主张，无需等待修车费用报销完毕。建议根据证据完整性、诉讼成本等因素综合判断是否一次性起诉，若有疑问可进一步向我咨询具体操作细节。