针对您提出的“在公司工作13年协商解除劳动合同，经济补偿金协议怎么写”的问题，以下是一份详细且合法的《协商解除劳动合同协议书》模板，该模板充分考虑了您的工作年限及经济补偿的相关事宜：

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协商解除劳动合同协议书

甲方（用人单位）
名称：[公司全称]
统一社会信用代码/注册号：[填写]
地址：[公司地址]
法定代表人/负责人：[姓名]
联系方式：[电话/邮箱]

乙方（劳动者）
姓名：[您的姓名]
身份证号码：[填写]
住址：[家庭住址或通讯地址]
联系方式：[电话/邮箱]

鉴于甲乙双方根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规的规定，且考虑到乙方在公司已工作13年的实际情况，经平等自愿、协商一致，就解除双方之间的劳动合同达成如下协议：

一、合同解除时间

1. 解除日期：甲乙双方同意自[具体日期，如XXXX年XX月XX日]起解除双方签订的劳动合同，劳动关系随之终止。

二、经济补偿与结算

1. 经济补偿金计算：根据乙方在公司的工作年限（13年）及月工资情况，甲方同意向乙方支付经济补偿金共计人民币[具体金额]元（大写：[大写金额]）。此金额已充分考虑乙方的工作年限、工资水平及公司相关规定，包括但不限于工资、加班费、奖金等所有与劳动关系相关的费用。

2. 支付方式及时间：甲方应在乙方完成工作交接并经甲方确认后的[具体时间，如5个工作日内]内，将上述经济补偿金支付至乙方指定的银行账户（开户银行：[银行名称]；银行账号：[账号]；户名：[您的姓名]）。

3. 最终结算确认：双方确认，除本协议约定的经济补偿金外，甲方无其他任何形式的义务或责任需向乙方承担。乙方在收到经济补偿金后，应签署确认书，并不得再向甲方主张任何与劳动关系相关的权利。

三、工作交接与离职手续

1. 工作交接：乙方应在[具体时间，如XXXX年XX月XX日前]按照甲方的要求完成工作交接，内容包括但不限于工作资料、文件、工具、办公用品的移交，以及未完成工作任务的处理等。乙方应提交书面工作交接清单，并经甲方确认无误后视为交接完成。

2. 离职手续：甲方应在乙方完成工作交接后的[具体时间，如3个工作日内]为乙方办理离职手续，包括出具离职证明、社会保险关系转移等，并确保乙方能够顺利办理相关手续。

四、保密与竞业限制（如适用）

1. 保密义务：乙方对在甲方工作期间知悉的商业秘密、技术秘密、客户信息等负有保密义务，不得向第三方披露或使用，该保密义务不因劳动合同的解除而免除。

2. 竞业限制：若双方有竞业限制约定，应另行签订竞业限制协议，明确竞业限制的范围、期限及补偿等事项。本协议不构成对乙方的竞业限制，除非双方另有约定。

五、违约责任

1. 违约处理：任何一方违反本协议的约定，应承担相应的违约责任，并赔偿对方因此遭受的损失。若甲方未按时支付经济补偿金，应按未支付金额的每日万分之五向乙方支付违约金。

六、争议解决

1. 友好协商：因本协议引起的或与本协议有关的任何争议，双方应首先通过友好协商解决，以维护双方的合作关系和声誉。

2. 仲裁与诉讼：协商不成的，可向甲方所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可依法向人民法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。

七、其他条款

1. 法律效力：本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。本协议自双方签字盖章之日起生效，对双方均具有约束力。

2. 生效条件：本协议自双方签字盖章之日起生效，且需满足以下条件：（1）乙方已完成工作交接并经甲方确认；（2）甲方已支付经济补偿金至乙方指定账户。

甲方（盖章）：[公司名称]
法定代表人/负责人（签字）：[姓名]
日期：[填写日期]

乙方（签字）：[您的姓名]
日期：[填写日期]

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这份协议模板充分考虑了您在公司工作13年的实际情况，详细规定了经济补偿金的计算、支付方式及时间、工作交接与离职手续、保密与竞业限制（如适用）、违约责任、争议解决等关键要素。在实际应用中，双方应根据具体情况进行调整和完善，以确保协议的针对性和可操作性。希望这份协议模板能对您有所帮助。