关于能否追溯超两年的加班工资，结论是：一般情况下，超过两年的加班工资可能难以追溯，但具体能否追溯需视情况而定。以下从不同角度进行分析：
从诉讼时效的角度分析：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果劳动者在知道或应当知道其加班工资被侵害之日起超过一年未申请仲裁，那么其主张加班工资的权利可能因超过时效而得不到法律保护。
- 然而，也存在一些特殊情况。如果劳动者在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，且该争议与劳动关系是否存续相关联，那么劳动者申请仲裁不受上述一年仲裁时效期间的限制。但需要注意的是，这种特殊情况并不直接适用于加班工资的追溯问题，且即使劳动关系存续，对于超过两年的加班工资，劳动者仍需承担举证责任，证明其加班事实及用人单位未支付加班工资的情况。
从举证责任的角度分析：
- 在劳动争议案件中，劳动者主张加班工资的，应当就加班事实的存在承担举证责任。如果劳动者无法提供充分证据证明其加班事实及用人单位未支付加班工资的情况，那么其主张可能难以得到法院或仲裁机构的支持。
- 对于超过两年的加班工资，由于时间跨度较长，劳动者可能面临举证困难的问题。例如，加班记录、工资条等关键证据可能因时间久远而丢失或损坏，导致劳动者无法提供充分证据支持其主张。
从实际操作的角度分析：
- 在实际操作中，即使劳动者能够提供一定证据证明其加班事实及用人单位未支付加班工资的情况，但如果这些证据不够充分或存在瑕疵，那么劳动者主张加班工资的权利仍可能受到一定限制。
- 此外，不同地区的法院或仲裁机构在处理类似案件时可能存在差异。一些地区可能更加注重保护劳动者的合法权益，对加班工资的追溯问题持较为宽松的态度；而另一些地区则可能更加注重法律程序的严谨性，对超过时效或举证不足的加班工资主张不予支持。
建议：
- 如果您认为自己的加班工资被侵害且未超过一年仲裁时效期间，建议尽快向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
- 如果您认为自己的加班工资被侵害但已超过一年仲裁时效期间，且无法提供充分证据证明加班事实及用人单位未支付加班工资的情况，那么您可能需要考虑通过其他途径解决争议，如与用人单位协商、寻求劳动监察部门的帮助等。
- 在任何情况下，都建议您保留好相关证据，如加班记录、工资条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
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