结论：在违法建设厂房的情况下，执法人员确实有权扣押作案工具，但这一权力的行使必须严格遵循法定程序和条件。
分析说明：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规，执法机关在查处违法行为时，有权依法采取查封、扣押等行政强制措施，以制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生或控制危险扩大。在违法建设厂房的情境中，作案工具（如施工设备、建筑材料等）作为违法行为的直接物证，执法人员有权依法进行扣押。
扣押条件：
- 执法人员扣押作案工具必须满足一定条件，包括但不限于：违法行为确实存在、扣押的物品与违法行为有直接关联、扣押行为符合法定程序等。在违法建设厂房的情况下，如果执法人员能够证明相关工具或材料是用于违法建设的，且扣押行为不会侵犯当事人的合法权益，那么他们就有权进行扣押。
程序要求：
- 执法人员在扣押作案工具时，必须遵循严格的法定程序。这通常包括出示执法证件、告知当事人扣押的理由和依据、制作扣押清单并由当事人签字确认等步骤。如果执法人员未按照法定程序进行扣押，那么他们的行为可能构成违法，当事人有权依法维权。
后续处理：
- 扣押的作案工具在案件处理完毕后，应当根据具体情况进行妥善处理。如果当事人被认定存在违法行为，且扣押的物品与违法行为有直接关联，那么这些物品可能会被依法没收或销毁。如果当事人被认定无罪或违法行为情节轻微，那么扣押的物品应当及时返还给当事人。
法律建议：
- 对于当事人：如果您的厂房建设被认定为违法，且执法人员要求扣押作案工具，您应当配合执法人员的工作，并要求他们出示执法证件和扣押清单。同时，您也有权了解扣押的理由和依据，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。
- 对于执法人员：在扣押作案工具时，请务必遵循法定程序和条件，确保扣押行为的合法性和正当性。如果因扣押行为不当而引发纠纷或诉讼，您可能需要承担相应的法律责任。
特殊场景：
- 如果当事人对执法人员的扣押行为有异议，他们可以通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的权益。在这些程序中，当事人需要提供充分的证据来证明执法人员的扣押行为违法或不当。
行动建议：
- 如果您面临违法建设厂房被扣押作案工具的情况，或者您对执法人员的扣押行为有疑问或异议，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。