若三方协议中约定了附件1为补充协议，但实际未签署补充协议的，处理方式需根据协议具体条款及实际履行情况综合判断，具体如下：

1. 协议条款明确约定补充协议为必备文件且未签署的，可能影响三方协议效力
   若三方协议中明确约定“本协议自签署补充协议后生效”或“补充协议为本协议不可分割的组成部分”，而各方未签署补充协议的，可能因未满足生效条件导致三方协议未成立或未生效。此时，各方无需履行协议义务，但已实际履行的部分可能构成事实合同关系，需根据履行情况协商处理或通过诉讼解决争议。

2. 协议未明确补充协议为必备文件且已实际履行的，以实际履行内容为准
   若三方协议未将补充协议约定为生效条件，且各方已按主协议约定履行主要义务（如支付款项、交付货物等），则补充协议的缺失不影响主协议效力。此时，各方应继续履行主协议义务，未签署补充协议的部分可通过协商补充约定或按主协议条款执行。若协商不成，可依据《民法典》第五百一十条、第五百一十一条关于合同补充约定及履行规则的规定处理。

3. 补充协议内容涉及主协议核心条款变更的，需重新协商或终止协议
   若补充协议原定内容涉及主协议核心条款（如价款、履行期限、违约责任等）的变更，而各方未签署补充协议的，需判断是否达成口头或事实变更。若各方已按变更后的内容履行，可视为通过实际行为变更主协议；若未履行且无法达成一致的，任何一方可依据《民法典》第五百四十三条要求继续履行原协议或协商终止协议。

建议行动步骤：

• 第一步：核查三方协议中关于补充协议的条款，明确其是否为生效条件或必备文件；
  
• 第二步：梳理各方实际履行情况，判断是否构成事实合同关系或协议变更；
  
• 第三步：根据核查结果，与对方协商签署补充协议或调整履行方案；
  
• 第四步：若协商不成，及时收集证据（如协议文本、履行凭证、沟通记录等）并通过诉讼或仲裁解决争议。
  

提示：法律关系复杂时，建议提供协议文本及履行细节，以便进一步分析。