畜牧养殖违法排污主要归属于生态环境主管部门（生态环境局）进行管理。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 法律依据与职责划分：

   • 根据《中华人民共和国环境保护法》及相关法律法规，生态环境主管部门（生态环境局）负责环境保护工作的统一监督管理，包括水污染、大气污染、土壤污染等的防治工作。畜牧养殖违法排污，如未经处理直接排放畜禽粪便、废水等，造成环境污染的，属于生态环境主管部门的监管范畴。

2. 具体管理内容：

   • 生态环境主管部门会对畜牧养殖场的排污行为进行监管，包括检查其是否建设了符合环保要求的排污设施，是否按照规定的标准排放污染物，以及是否办理了相关的排污许可手续等。
   • 若发现畜牧养殖场存在违法排污行为，生态环境主管部门有权依法进行处罚，包括责令改正、罚款、责令停业整顿等措施。

3. 与其他部门的协作：

   • 虽然畜牧养殖违法排污主要归属于生态环境主管部门管理，但在实际工作中，也可能与其他部门存在协作关系。例如，农业农村部门负责畜牧业的发展规划、政策制定和行业管理，可能会与生态环境部门在畜牧养殖场的规划布局、环保要求等方面进行沟通协调。
   • 另外，如果畜牧养殖场的违法排污行为同时涉及水资源保护、土地污染等问题，还可能涉及水利部门、自然资源部门等的监管。

4. 法律后果与维权途径：

   • 畜牧养殖场若违法排污，不仅可能面临生态环境主管部门的处罚，还可能对周边环境造成损害，引发民事纠纷。受害者有权依法向人民法院提起诉讼，要求畜牧养殖场承担民事赔偿责任。
   • 若畜牧养殖场的违法排污行为构成犯罪，如污染环境罪等，还将依法追究其刑事责任。

建议：畜牧养殖场应严格遵守环保法律法规，建设符合要求的排污设施，确保污染物达标排放。同时，应加强与生态环境主管部门的沟通联系，及时了解环保政策要求，避免因违法排污而面临法律风险。若您在畜牧养殖过程中遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。