畜牧养殖污染的处罚单位主要依据具体的违法行为和所违反的法律法规来确定，一般来说，可能涉及多个行政机关的联合执法或单独执法。以下是从不同法律法规角度对处罚单位的详细分析：

1. 《中华人民共和国环境保护法》角度

   • 该法规定，对于违法排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者，若受到罚款处罚后仍拒不改正，行政机关（通常为环境保护主管部门）可自责令改正之日的次日起，按原处罚数额按日连续处罚。这里明确指出了环境保护主管部门是主要的处罚单位。

2. 《中华人民共和国水污染防治法》角度

   • 根据该法，未依法取得排污许可证排放水污染物的，或者超过排放标准、总量控制指标排放水污染物的，以及利用渗井、渗坑等方式逃避监管排放水污染物的，均由环境保护主管部门责令改正、限制生产、停产整治，并处以罚款；情节严重者，可能被责令停业、关闭。
   • 向水体直接排放、倾倒畜禽粪便的，同样由环境保护主管部门责令停止违法行为，限期治理，并处以罚款。

3. 《中华人民共和国大气污染防治法》角度

   • 该法规定，排放畜禽养殖废弃物不符合标准或未经无害化处理直接向环境排放的，以及畜禽养殖场、养殖小区未建设或未正常运行废弃物处理设施的，均由环境保护主管部门责令限期治理，并处以罚款。

4. 《畜禽规模养殖污染防治条例》角度

   • 根据该条例，未建设或未正常使用污染防治配套设施的畜禽养殖场、养殖小区，由环境保护主管部门责令停止生产或使用，并可处以罚款。
   • 排放废弃物不符合标准或未经无害化处理的，同样由环境保护主管部门责令限期治理，并处以罚款。
   • 对于染疫畜禽及其排泄物等病害废弃物未按规定处理的，虽然主要由动物卫生监督机构责令无害化处理，但这一行为也间接关联到畜牧养殖污染的整体防治，且动物卫生监督机构在处理过程中可能会与环境保护主管部门协同工作。

综合建议：

• 畜牧养殖者应严格遵守相关法律法规，建设并正常运行污染防治配套设施，确保畜禽养殖废弃物的综合利用和无害化处理。
• 若面临畜牧养殖污染相关的法律问题或处罚，建议及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
• 同时，畜牧养殖者也应加强对养殖活动的环境监管，及时发现并纠正违法行为，以保护生态环境和公众健康。