结论前置：在合同约定的违约金过高的情况下，不可以直接从货款中扣除再协商。这种做法缺乏法律依据，且可能引发新的纠纷。以下从法律背景、法律建议和可能的法律后果三个角度进行详细分析：
法律背景
违约金调整原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这表明，违约金的调整需通过法律程序，而非单方行为。
货款与违约金的性质：
- 货款是买卖合同中买方应支付给卖方的对价，属于合同的主要义务。
- 违约金则是因一方违约而应向对方支付的赔偿，属于合同的违约责任。
- 货款与违约金在法律性质上是独立的，不能直接相互抵扣。
法律建议
协商调整：
- 如果认为合同约定的违约金过高，首先应尝试与对方进行协商，寻求达成一个双方都能接受的违约金数额。
- 协商过程中，可以引用相关法律规定，说明违约金过高可能不被法律支持，以促成合理调整。
法律程序调整：
- 如果协商无果，可以向人民法院或仲裁机构提出申请，请求调整违约金数额。
- 在申请时，需要提供证据证明约定的违约金过分高于实际损失，以便法院或仲裁机构进行裁决。
避免单方行为：
- 在未经对方同意或法律程序调整前，不得单方从货款中扣除违约金。
- 单方扣除可能构成违约或侵权，引发新的法律纠纷。
可能的法律后果
单方扣除的无效性：
- 如果未经对方同意或法律程序调整，单方从货款中扣除违约金，该行为可能被认定为无效。
- 对方有权要求返还被扣除的货款，并可能要求支付因单方扣除而产生的额外损失。
法律责任的承担：
- 如果单方扣除行为构成违约或侵权，扣除方可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
- 在严重情况下，还可能面临行政处罚或刑事责任。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，约定违约金为合同总金额的30%。后因乙方违约，甲方认为违约金过高，希望调整。此时，甲方应首先与乙方进行协商，寻求达成一个合理的违约金数额。如果协商无果，甲方可以向人民法院或仲裁机构提出申请，请求调整违约金。在未经乙方同意或法律程序调整前，甲方不得单方从货款中扣除违约金。
总结与进一步思考：在处理合同约定的违约金过高问题时，应遵循法律程序，通过协商或法律途径进行调整。避免单方行为，以免引发新的法律纠纷。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。