合作协议约定的违约金过高，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。下面我会详细解释这一结论及相关的法律依据和处理流程。

一、法律依据

根据《民法典》的相关规定，若合作协议中约定的违约金过高，当事人有权请求人民法院或仲裁机构对违约金进行适当调整。这一规定旨在平衡合同双方的利益，确保违约金的设定既不过度加重违约方的负担，也能起到对违约行为的约束作用。

二、违约金过高的判断标准

判断违约金是否过高，通常需要综合考虑以下几个因素：

1. 违约造成的损失：这是判断违约金是否过高的基础。如果实际损失远低于约定的违约金，那么违约金很可能被认为过高。
2. 合同履行情况：合同的履行程度也是判断违约金是否合理的重要因素。如果合同已经大部分履行，但违约方仍需支付高额违约金，这显然是不合理的。
3. 当事人过错程度：违约方的过错程度也是影响违约金调整的重要因素。如果违约方是故意或重大过失导致违约，那么违约金可能会相应增加；反之，如果违约方是轻微过失或无明显过错，那么违约金可能会适当减少。
4. 预期利益：合同双方的预期利益也是判断违约金是否合理的重要考量。如果违约金的设定导致违约方承担的损失远超其预期利益，那么违约金很可能被认为过高。

三、违约金调整的程序

1. 提出请求：当事人认为违约金过高时，可以向人民法院或仲裁机构提出调整请求。
2. 举证责任：提出调整请求的当事人需要承担举证责任，证明约定的违约金过分高于违约所造成的损失。这通常包括提供实际损失的证据、合同履行情况的证明等。
3. 调整决定：人民法院或仲裁机构在收到请求后，会根据公平原则和诚实信用原则对违约金进行调整。调整后的违约金应既能体现对违约方的惩罚，又能保障守约方的合理权益。

四、实际案例

在实际案例中，法院或仲裁机构通常会根据具体情况对违约金进行调整。例如，如果实际损失仅为10万元，但约定的违约金高达50万元，那么法院或仲裁机构很可能会将违约金调整为更接近实际损失数额的金额。

综上所述，合作协议约定的违约金过高时，当事人可以依法请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。在提出请求时，需要充分举证证明违约金过高，并期待法院或仲裁机构根据公平原则和诚实信用原则对违约金进行合理调整。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。