针对您提出的“三甲医院合同期考入编怎么办”的问题，这主要涉及到事业单位聘用合同的相关规定以及考入编制后的合同处理问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当您在三甲医院（属于事业单位）的合同期内考入编制时，这通常意味着您将从合同制员工转变为在编员工。这一转变过程中，关键的是要处理好与原单位的聘用合同关系。
一、合同中的特殊条款
单方面解除合同的条件：
- 根据您提供的参考信息，如果聘用合同中明确规定了“考入普通高等院校的、被录用或者选调为公务员的、依法服兵役的”等情形下，乙方（即您）可随时单方面解除合同，那么您在考入编制后，是有权根据这一条款单方面解除与原单位的聘用合同的。
违约责任：
- 如果合同中同时规定了“乙方在甲方工作服务不满3年，乙方退回服务期内全部工资数额”的违约责任，但您的情况属于合同中明确允许的单方面解除合同的情形之一（即考入编制），那么您通常不需要承担这一违约责任。这是因为合同中的特殊条款已经为您提供了在特定情况下解除合同而不承担违约责任的依据。
二、合同解除后的手续
通知原单位：
- 在决定解除合同后，您应及时通知原单位，并说明解除合同的原因和依据。
办理离职手续：
- 按照原单位的要求，办理离职手续，包括工作交接、档案转移等。
确认编制身份：
- 在解除与原单位的合同后，您需要与新单位（即考入编制的单位）确认您的编制身份，并办理相关的入职手续。
三、合法性验证
- 关于您提到的“事业单位在聘用合同中设置‘乙方在甲方工作服务不满3年，乙方退回服务期内全部工资数额’这条约定是否合法”的问题，这主要取决于该约定是否违反了国家法律法规的强制性规定。一般来说，如果这一约定是双方自愿达成的，且没有违反法律法规的禁止性规定，那么它是具有法律效力的。但是，在您的情况下，由于您属于合同中明确允许的单方面解除合同的情形之一，因此这一约定对您不产生约束力。
四、建议与注意事项
仔细阅读合同：
- 在解除合同前，请务必仔细阅读您的聘用合同，特别是关于解除合同和违约责任的条款，以确保您的权益得到保障。
咨询专业人士：
- 如果您对合同条款或解除合同后的手续有任何疑问，建议咨询专业的法律人士或人事部门工作人员，以获取更准确的指导和建议。
保持沟通：
- 在解除合同的过程中，与原单位和新单位保持密切的沟通，确保手续的顺利进行和权益的保障。
综上所述，当您在三甲医院的合同期内考入编制时，您有权根据合同中的特殊条款单方面解除与原单位的聘用合同，而无需承担违约责任。在解除合同后，请按照要求办理离职手续，并与新单位确认您的编制身份。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业人士或相关部门。