核心结论：土地权利人是公司，房产权利人是法人个人时，办理不动产登记需根据土地与房产的权属关系，分情况处理，主要有以下两种情况。

1. 土地与房产权属一致（即房产基于公司土地建造）

   • 法律分析：根据《民法典》及相关不动产登记规定，不动产登记应遵循“房地一体”原则，即房屋所有权与该房屋占用范围内的土地使用权权利主体应一致。若房产是法人个人利用公司土地建造，可能存在权属争议或违规建设问题。若公司同意将土地使用权部分或全部转让给法人个人，或法人个人通过合法方式（如购买、受赠等）取得土地使用权，则可办理权属变更登记，使房地权利主体一致。
   • 办理流程：
     • 协商一致：公司与法人个人就土地使用权转让达成一致，签订书面转让合同，明确转让范围、价格、付款方式等条款。
     • 缴纳税费：根据转让合同及当地税务规定，缴纳土地增值税、契税、印花税等相关税费。
     • 申请登记：携带转让合同、税费缴纳凭证、公司营业执照、法人个人身份证等材料，向当地不动产登记机构申请土地使用权变更登记，同时申请房产所有权登记（若房产尚未登记）。
     • 审核发证：不动产登记机构审核材料无误后，办理变更登记，颁发新的不动产权证书，将土地使用权和房产所有权登记至法人个人名下。

2. 土地与房产权属分离（即房产非基于公司土地建造，或公司同意法人个人保留房产所有权）

   • 法律分析：若房产并非基于公司土地建造，或公司明确同意法人个人保留房产所有权，不要求房地权利主体一致，则可分别办理土地使用权和房产所有权的登记。此时，土地使用权仍登记在公司名下，房产所有权登记在法人个人名下。
   • 办理流程：
     • 土地使用权登记：公司携带土地权属来源证明（如出让合同、划拨决定书等）、公司营业执照等材料，向当地不动产登记机构申请土地使用权登记，领取不动产权证书。
     • 房产所有权登记：法人个人携带房产建造合法证明（如建设工程规划许可证、施工许可证、竣工验收备案表等）、个人身份证等材料，向当地不动产登记机构申请房产所有权登记，领取不动产权证书。
     • 备注说明：在不动产登记簿及不动产权证书中，应明确记载土地使用权和房产所有权的权利主体、权利范围等信息，避免权属混淆。

特别提醒：在办理不动产登记过程中，务必确保所有材料真实、合法、有效，避免因材料问题导致登记失败或引发法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，可直接向我咨询。