在合同中约定了有效仲裁条款的情况下，当事人应当首先通过仲裁方式解决纠纷，而不应直接向法院起诉。若未经仲裁直接起诉，法院通常不会受理，但存在特殊情形时除外。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁条款有效的情况
基本原则：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成有效的仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理。这意味着，如果合同中的仲裁条款有效，当事人应当遵守该约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。
仲裁条款有效性的判断标准：
- 明确的请求仲裁的意思表示：合同中应明确表明双方愿意通过仲裁解决争议。
- 具体的仲裁事项：合同中应明确仲裁的具体事项，如合同履行、违约责任等。
- 选定的仲裁委员会：合同中应明确选定一个具体的仲裁委员会进行仲裁。
- 例如，合同中明确写明“双方因本合同产生的一切争议，均提交[具体仲裁委员会名称]仲裁解决”，这样的仲裁条款通常是有效的。
法律后果：
- 如果一方违反仲裁协议向法院起诉，而另一方在法院首次开庭前提交仲裁协议的，法院应当驳回原告的起诉。
二、仲裁条款无效的情况
无效情形：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条规定，仲裁协议在以下情形下无效：
- 约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；
- 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；
- 一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
特殊情况下的无效：
- 如果仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议，那么该仲裁条款也视为无效。
法律后果：
- 当仲裁条款无效时，当事人可以向法院提起诉讼来解决争议。
三、特殊情况下的处理
除了仲裁条款无效的情况外，还存在一些其他特殊情况，允许当事人在特定条件下向法院起诉：
仲裁机构未受理仲裁申请：
- 如果当事人已经按照仲裁协议向仲裁机构提出了仲裁申请，但仲裁机构以某种理由不受理该申请，那么在这种情况下，当事人也可以向法院提起诉讼。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 仲裁裁决作出后，如果当事人有证据证明该裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
- 若仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，以寻求司法救济。
四、总结与建议
在处理合同纠纷时，应当尊重当事人的意思自治和仲裁协议的效力。如果合同中约定了有效的仲裁条款，当事人应当遵守该约定，通过仲裁方式解决争议。如果仲裁条款无效或不存在，或者存在上述特殊情况，当事人则可以选择向法院提起诉讼。因此，在签订合同时，建议当事人仔细审查仲裁条款的有效性，以确保自身权益得到妥善保护。同时，在发生纠纷时，也应根据实际情况选择合适的纠纷解决方式。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。