结论：判决书中要求补交诉讼费，但在转程序时未通知，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下，若法院未依法履行通知义务，可能构成程序瑕疵，但不一定直接导致违法。以下从不同角度进行分析：

一、法院通知义务的法律依据

根据《诉讼费用交纳办法》及相关司法解释，法院在诉讼过程中有义务告知当事人诉讼费用的交纳情况，包括补交诉讼费的通知。这是确保当事人知情权、参与权的重要体现。若法院在判决书中要求补交诉讼费，但在转程序时未通知，可能违反了这一义务。

二、未通知的可能后果

1. 程序瑕疵：法院未履行通知义务，可能构成程序上的瑕疵。这种瑕疵可能影响当事人对诉讼程序的正常参与，但不一定直接导致判决无效或违法。

2. 当事人权利受损：若因未通知导致当事人未能及时补交诉讼费，可能面临被视为未履行诉讼义务的风险，进而影响其诉讼权利的实现。例如，可能因未按时交纳诉讼费而被按撤诉处理。

三、合法性判断

1. 若法院未依法通知：若法院确实未按照法律规定履行通知义务，那么这一行为可能构成程序违法。当事人可以依法提出异议，要求法院纠正程序瑕疵，并可能因此获得相应的救济。

2. 若法院已履行通知义务但当事人未收到：若法院已依法履行了通知义务，但因当事人自身原因（如地址变更未告知法院、邮件丢失等）未收到通知，那么这一责任应由当事人自行承担。此时，法院的行为并不构成违法。

四、建议与措施

1. 核实通知情况：当事人应首先核实法院是否确实未履行通知义务。可以通过查阅法院卷宗、询问法院工作人员或要求法院出具相关证明等方式进行核实。

2. 提出异议：若确认法院未履行通知义务，当事人可以依法向法院提出异议，要求法院纠正程序瑕疵，并可能因此获得重新交纳诉讼费、继续诉讼等救济。

3. 咨询专业律师：在处理此类问题时，建议当事人咨询专业律师，以便更准确地判断法院行为的合法性，并制定有效的应对策略。

进一步思考：在实际操作中，法院通知义务的履行情况往往受到多种因素的影响，包括法院的工作流程、当事人的联系方式等。因此，在判断法院行为是否合法时，需要综合考虑各种因素，并依据相关法律法规进行客观分析。若您遇到类似问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。