在双重劳动关系中，员工发生工伤时的责任主体主要取决于工伤发生时员工正在为哪家公司工作，以及该公司是否为员工缴纳了工伤保险。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
实际用工与保险缴纳：
- 员工在哪家公司工作期间受伤，且该公司已为其缴纳工伤保险，则由该公司依法承担工伤保险责任。这包括医疗费用、停工留薪期间的工资等，并由工伤保险基金支付相应的工伤保险待遇。例如，若员工在A公司工作时受伤，且A公司已为其缴纳工伤保险，则A公司需承担工伤保险责任。
双重劳动关系中的判断：
- 若员工同时与A、B两家公司形成劳动关系，需根据员工在哪家公司的工作任务中受伤，以及哪家公司为其缴纳了工伤保险来判断责任主体。若员工在B公司工作时受伤，且B公司未为其缴纳工伤保险，但A公司为其缴纳了，此时责任主体可能需根据具体情况和法律规定进一步判断，但通常情况下，若能明确是在B公司工作任务中受伤，B公司需承担相应责任（若未缴纳工伤保险，则按《工伤保险条例》规定标准赔偿）。
二、特殊情形处理
两家公司均未缴纳工伤保险：
- 若员工在为某家公司工作时受伤，而该公司未为其缴纳工伤保险，则该公司需按照《工伤保险条例》规定的标准承担全部的工伤赔偿责任。这包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
上下班途中发生交通事故：
- 若员工在上下班途中发生交通事故并被认定为工伤，且无法确定是哪家公司的工作任务导致的，或两家公司的工作都有涉及，责任分担可能需要根据具体情况来判断。例如，若员工在前往A公司上班途中发生交通事故，但同时也在为B公司工作，且两家公司均未明确排除其上下班途中的工伤责任，则可能需通过法律途径解决争议，确定责任主体。
违法转包、分包情形：
- 用工单位违反法律、法规规定将承包业务转包给不具备用工主体资格的组织或者自然人，该组织或自然人聘用的职工在工作时因工伤亡的，由用工单位承担工伤保险责任。即使受伤职工与用工单位不存在传统意义上的劳动关系，用工单位仍需承担责任。
劳务派遣情形：
- 被派遣劳动者在用工单位因工作遭受事故伤害的，由劳务派遣单位依法申请工伤认定，并承担工伤保险责任。用工单位应协助工伤认定的调查核实工作。劳务派遣单位可以与用工单位约定补偿办法，但不影响其承担工伤保险责任的义务。
三、综合建议
- 审查劳动合同与保险缴纳记录：在处理双重劳动关系中的工伤问题时，应仔细审查劳动合同、工伤保险缴纳记录以及工伤发生的具体情况，以确保责任准确界定和赔偿顺利进行。
- 及时申请工伤认定：员工在发生工伤后，应及时向相关部门申请工伤认定，以便后续维权。
- 寻求法律帮助：若对工伤责任承担有疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和帮助。
若您在双重劳动关系中遇到工伤问题，或有其他劳动工伤方面的疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律分析和建议。