在双重劳动关系中，员工发生工伤时的责任主体主要取决于工伤发生时员工正在为哪家公司工作，以及该公司是否为员工缴纳了工伤保险。以下是对此问题的详细分析：
一、基本原则
实际用工与保险缴纳：
- 根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》，员工在哪家公司工作期间受伤，且该公司已为其缴纳工伤保险，则由该公司依法承担工伤保险责任。这包括医疗费用、停工留薪期间的工资等，并由工伤保险基金支付相应的工伤保险待遇。
- 若员工在为某家公司工作时受伤，而该公司未为其缴纳工伤保险，则该公司需按照《工伤保险条例》规定的标准承担全部的工伤赔偿责任。
双重劳动关系中的判断：
- 若员工同时与A、B两家公司形成劳动关系，需根据员工在哪家公司的工作任务中受伤，以及哪家公司为其缴纳了工伤保险来判断责任主体。例如，若员工在为A公司工作时受伤，且A公司已为其缴纳工伤保险，则由A公司承担工伤保险责任。
二、特殊情形处理
借调期间：
- 职工被借调期间受到工伤，由原用人单位承担工伤保险责任，但原用人单位与借调单位可以约定补偿办法。这确保了员工在借调期间的权益不受损害，并允许两家单位通过协议明确责任分担。
违法转包、分包情形：
- 用工单位违反法律、法规规定将承包业务转包给不具备用工主体资格的组织或者自然人，该组织或自然人聘用的职工在工作时因工伤亡的，由用工单位承担工伤保险责任。即使受伤职工与用工单位不存在传统意义上的劳动关系，用工单位仍需承担责任。
上下班途中发生交通事故：
- 若员工在上下班途中发生交通事故并被认定为工伤，且无法确定是哪家公司的工作任务导致的，或两家公司的工作都有涉及，责任分担可能需要根据具体情况来判断，甚至可能需要通过法律途径解决争议。
三、法律建议
明确劳动关系与保险缴纳：
- 员工在同时与多家公司建立劳动关系时，应明确每家公司的用工性质、工作任务以及工伤保险缴纳情况，以便在发生工伤时能够准确判断责任主体。
保留证据：
- 员工在发生工伤后，应及时保留相关证据，如工伤认定书、医疗费用发票、劳动合同等，以便在后续维权过程中提供有力支持。
寻求法律帮助：
- 若双方对于工伤责任存在争议，员工可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径来寻求解决方案。在此过程中，员工可以咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。
总结来说，在双重劳动关系中发生工伤时，责任主体的判断需综合考虑实际用工情况、保险缴纳情况以及特殊情形的处理等因素。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。