结论：公司支付款项要求不仲裁，但员工仍然选择仲裁的，公司不能要求员工退回已支付的款项，且仲裁程序仍会继续进行。
分析说明：
仲裁的自愿性与独立性：
- 仲裁是一种自愿性的争议解决方式，双方当事人在签订仲裁协议或达成仲裁条款时，即表示同意将争议提交仲裁机构进行裁决。
- 一旦仲裁程序启动，除非双方当事人达成和解或仲裁机构作出裁决，否则仲裁程序不会因任何一方的单方面意愿而终止。
公司支付款项的性质：
- 公司支付款项可能是出于多种原因，如预付款、赔偿款、和解款等。但无论款项的性质如何，都不能作为阻止员工申请仲裁的条件或理由。
- 如果公司支付款项时明确要求员工放弃仲裁权利，这种要求通常是不合法的，因为仲裁权利是员工的法定权利，不能通过私下协议被剥夺。
员工选择仲裁的后果：
- 员工选择仲裁后，仲裁机构将依法对争议进行审理，并作出裁决。裁决具有法律效力，双方当事人必须履行。
- 公司不能因为员工选择了仲裁就要求退回已支付的款项，除非双方在仲裁过程中达成和解，且和解协议中明确约定了款项的退还事宜。
法律建议：
- 对于公司：应尊重员工的仲裁权利，不要试图通过支付款项等方式阻止员工申请仲裁。如果公司认为仲裁可能对自己不利，可以积极与员工进行协商，寻求和解或调解等更温和的解决方式。
- 对于员工：如果公司支付了款项但要求不仲裁，员工应明确拒绝这种要求，并坚持自己的仲裁权利。如果员工担心仲裁结果可能对自己不利，可以寻求专业律师的帮助，制定合理的仲裁策略。
可能后果：
- 如果公司坚持要求员工退回款项并阻止仲裁，可能会面临法律上的不利后果，如被仲裁机构裁决承担违约责任或赔偿损失等。
- 员工如果因为公司的要求而放弃了仲裁权利，可能会失去通过法律途径维护自己合法权益的机会。
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