针对侵占农民耕地做公墓这一问题，这是一个涉及法律法规、农民权益保护以及土地资源合理利用的复杂且敏感的问题。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、明确法律依据与责任
首先，我们需要明确的是，我国实行严格的土地用途管制制度，耕地是宝贵的农业资源，未经批准擅自改变其用途是违法的。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，占用耕地建坟等破坏种植条件的行为，将面临责令限期改正、罚款、拆除违法建筑以及可能的刑事追责等多重法律责任。
二、处理流程与具体措施
调查核实情况：
- 相关部门应迅速组织人员对侵占耕地建公墓的情况进行详细调查，明确占用面积、位置、时间等关键信息，并收集相关证据。
与当事人沟通：
- 与公墓建设方或相关责任人进行沟通，了解其建设公墓的初衷、是否已办理相关手续以及目前的处理意愿等。
宣传法律法规：
- 向当事人和相关群众宣传土地管理法律法规和耕地保护政策，强调耕地的重要性和非法占用的严重后果，引导其自觉遵守法律法规。
协商解决方案：
- 根据实际情况，与当事人协商制定解决方案。如果公墓建设未经批准，应要求其立即停止建设，并考虑将坟墓迁移至合法的公墓或骨灰堂等地。如果已造成耕地破坏，应要求其承担恢复耕地原状的责任。
- 在协商过程中，要充分考虑当事人的合理诉求和利益，如迁移费用、补偿问题等，确保解决方案的可行性和可接受性。
依法处理违法行为：
- 对于拒不配合处理或继续非法占用耕地的行为，相关部门应依法予以严厉打击和处罚，包括责令限期改正、罚款、拆除违法建筑等。
- 如果非法占用耕地数量较大且造成大量毁坏，可能构成犯罪的，应依法追究刑事责任。
恢复耕地原状：
- 在坟墓迁移或处理后，应及时组织力量对被占用的耕地进行复垦和整理，恢复其耕作条件。可以邀请农业专家进行指导，确保复垦后的耕地能够正常用于农业生产。
加强监管与执法：
- 建立健全土地监管机制，加强对耕地的日常巡查和监管力度，及时发现和处理非法占用耕地的问题。
- 推动殡葬改革和公墓建设规范化，提供合法、规范的墓地选择，减少非法占用耕地的现象。
三、尊重农民权益
在处理过程中，应充分尊重和保障农民的合法权益。如果公墓占用了农民的承包地或宅基地，应与农民进行充分沟通，了解其需求和意见，并依法给予合理的补偿和安置。
四、建立长效机制
为了避免类似问题再次发生，应建立长效机制，包括加强土地管理和监管、推动殡葬改革、提高公众对耕地保护和殡葬改革的认识和支持度等。
综上所述，处理侵占农民耕地做公墓的问题需要综合考虑法律法规、农民权益保护以及土地资源合理利用等多个方面。只有依法依规进行处理，才能确保问题的妥善解决，同时避免可能的法律风险和经济损失。