结论：公司跟中介有合作时，中介扣款收培训费是否合法，需根据具体情况判断，包括合作协议内容、培训费性质及收取方式等。以下从不同角度进行分析：
一、合作协议内容
若合作协议中有明确约定：
- 如果公司与中介在合作协议中明确约定了中介可以收取培训费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么中介收取培训费的行为是合法的。此时，公司应按照协议约定履行相关义务，包括支付培训费。
若合作协议中无明确约定：
- 如果合作协议中未提及培训费，或者虽提及但未明确约定收取方式、标准等，那么中介擅自扣款收培训费的行为可能缺乏合法依据。公司有权拒绝支付，并可以要求中介返还已收取的费用。
二、培训费性质及收取方式
培训费作为合作成本的一部分：
- 如果培训费是中介为履行合作协议而提供的必要服务或资源所产生的成本，且该成本在合理范围内，那么中介收取培训费可能被视为合理。但即便如此，也应事先与公司协商并达成一致，而非擅自扣款。
培训费作为额外收益：
- 如果中介将培训费视为额外收益，且未与公司协商或未经公司同意擅自收取，那么这种行为可能构成违约或侵权。公司有权要求中介停止收取，并可能追究其法律责任。
三、法律法规的强制性规定
- 无论合作协议如何约定，中介收取培训费的行为都必须遵守国家法律法规的强制性规定。例如，如果培训费涉及虚假宣传、欺诈等违法行为，那么中介的行为将受到法律的制裁。
- 特别关注：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应遵循公平、诚实信用的原则订立和履行合同。如果中介在收取培训费的过程中存在欺诈、胁迫等行为，或者培训费明显不合理，公司有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销相关合同条款。
四、建议与措施
- 审查合作协议：公司应仔细审查与中介签订的合作协议，明确双方的权利义务，特别是关于培训费的约定。
- 与中介协商：如果发现中介擅自扣款收培训费，公司应首先与中介进行协商，要求其说明收取培训费的依据和合理性。
- 寻求法律救济：如果协商无果，公司可以寻求法律救济，包括向相关部门投诉、提起诉讼或申请仲裁等。
最后，公司在与中介合作时，应谨慎审查合作协议内容，明确双方的权利义务，以避免不必要的纠纷。如果遇到中介擅自扣款收培训费的情况，公司应及时采取措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。