工程结算时超工期的计算需根据合同约定及实际履行情况综合判断，核心结论如下：

1. 合同有明确约定时，按约定处理

   • 工期延误责任划分：若合同中约定了工期延误的违约金或赔偿标准（如每日按合同总价的万分之X计算），则直接按约定执行。例如，合同约定“逾期竣工每日赔偿合同总价0.1%”，则超期天数×日赔偿额=总赔偿金额。
     
   • 工期顺延情形：若因发包方原因（如设计变更、未及时支付工程款、提供材料延迟等）导致工期延误，承包方可依据合同约定申请工期顺延，且无需承担违约责任。此时需保留书面证据（如变更通知、付款记录、催告函等）。
     
   • 不可抗力免责：若因自然灾害、战争等不可抗力导致超工期，双方可协商免除部分或全部责任，但需符合合同约定的不可抗力范围及通知程序。
     

2. 合同无明确约定时，按实际损失赔偿

   • 损失举证责任：若合同未约定违约金，发包方需证明因工期延误导致的实际损失（如租金损失、商业机会损失等），承包方则需证明自身无过错或损失与己无关。例如，发包方因商场延期开业导致租金损失，需提供租赁合同及租金支付凭证。
     
   • 公平原则调整：法院或仲裁机构可能根据双方过错程度、实际损失情况，依据《民法典》第584条“损失赔偿额应相当于因违约所造成的损失”的原则，酌情调整赔偿金额。
     

3. 混合情形下的处理

   • 部分责任划分：若工期延误由双方共同导致（如发包方变更设计+承包方施工效率低下），则按过错比例分担责任。例如，法院可能判定发包方承担60%责任，承包方承担40%。
     
   • 工期顺延与违约金并存：若合同既约定了工期顺延条件，又约定了违约金，需区分延误原因。若因发包方原因导致顺延，承包方无需支付违约金；若因承包方原因超期，则需同时承担顺延后的工期责任及违约金。
     

建议：

• 结算时优先核对合同条款，明确工期计算方式及责任划分；
  
• 保留工期延误的书面证据（如签证单、沟通记录、第三方检测报告等）；
  
• 若争议较大，可委托造价鉴定机构对工期延误损失进行评估。
  

如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。