关于员工申请主动离职时多休的年假天数是否可以扣回的问题，这确实是一个涉及劳动者权益和公司规章制度的重要话题。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们要明确的是，年假是劳动者依法享有的带薪休假权利，其天数根据员工的累计工作年限确定。然而，在员工离职时，如果其已享受的年假天数超过了应得的天数，那么这部分多休的年假就涉及到了不当得利的问题。
对于多休的年假，公司通常有权采取以下两种处理方式：
扣除相应工资：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，虽然工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠，但这并不排除因员工多休年假而扣除相应工资的情况。因此，如果公司在员工离职结算时发现其多休了年假，可以扣除该部分年假对应的工资。
要求返还已支付报酬：如果公司已提前支付了多休年假的工资，那么可以要求员工返还这部分不当得利。这一做法也是基于公平和合理的原则，确保员工不会因多休年假而获得额外的利益。
然而，也需要注意到，《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条第三款规定：用人单位当年已安排职工年休假的，多于折算应休年休假的天数不再扣回。这意味着，如果公司在当年已经安排了员工的年休假，并且员工实际休假的天数超过了应休的天数，那么公司通常不应当再扣回这部分多休的天数或工资。
因此，在处理员工离职时多休的年假问题时，公司需要综合考虑劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的规定。具体来说，建议公司采取以下步骤：
核实年假天数：在员工离职前，仔细核算其实际应享受的年假天数和已休年假天数，确保数据的准确性。
沟通协商：如果发现员工存在多休年假的情况，及时与员工进行沟通，说明原因，并争取友好解决。可以根据公司的实际情况和员工的意愿，协商确定具体的处理方式。
书面确认：双方就处理方式达成一致后，应签订书面协议明确权利义务，以避免后续出现纠纷。
合法操作：在扣除工资或要求返还报酬时，确保行为符合法律法规和公司制度的规定，避免侵犯员工的合法权益。
综上所述，员工离职时多休的年假天数是否可以扣回，需要根据具体情况进行综合判断。公司应依法依规处理这一问题，确保公平、合理、合法地维护双方的权益。