不能仅凭被告和车辆所在公司不到庭就推定存在挂靠关系。以下从多个角度进行分析：

一、挂靠关系的认定标准

挂靠关系通常指的是一方（挂靠方）以另一方（被挂靠方）的名义进行经营活动，并向被挂靠方支付一定的费用。在法律上，挂靠关系的认定需要基于双方之间的实际行为、合同约定以及相关证据来综合判断。具体来说，法院在认定挂靠关系时，会考虑以下因素：

1. 合同关系：双方是否签订了挂靠合同或类似协议，明确双方的权利和义务。
2. 实际经营行为：挂靠方是否以被挂靠方的名义进行经营活动，如使用被挂靠方的营业执照、公章等。
3. 费用支付：挂靠方是否向被挂靠方支付了挂靠费用或其他形式的报酬。
4. 其他证据：如双方之间的往来函件、交易记录、证人证言等，也可以作为认定挂靠关系的依据。

二、不到庭的法律后果

在诉讼过程中，被告和车辆所在公司不到庭，并不意味着法院会直接推定存在挂靠关系。根据民事诉讼法的相关规定，被告不到庭，法院可以缺席判决，但这并不涉及对案件事实的直接认定，尤其是对挂靠关系这种需要具体证据支持的事实认定。法院在缺席判决时，仍然会依据原告提供的证据和法律规定来作出裁决。

三、推定挂靠的合法性分析

1. 缺乏法律依据：目前，没有法律法规明确规定，在被告和车辆所在公司不到庭的情况下，可以推定存在挂靠关系。推定需要基于一定的法律事实和逻辑推理，而单纯的不到庭并不构成推定挂靠的合法依据。
2. 可能损害当事人权益：如果仅凭不到庭就推定挂靠关系，可能会损害被告和车辆所在公司的合法权益。因为挂靠关系的认定涉及到双方的权利和义务，如果错误地认定了挂靠关系，可能会导致一方承担不必要的法律责任。

四、建议

1. 收集证据：如果原告认为存在挂靠关系，应当积极收集相关证据，如合同、交易记录、证人证言等，以证明自己的主张。
2. 依法诉讼：在诉讼过程中，应当遵循法律程序，尊重法院的裁决。如果被告和车辆所在公司不到庭，原告可以依法申请法院缺席判决，但应当确保自己的主张有充分的证据支持。

如有更多关于公司法务、知识产权、专利权、商标权、著作权等领域的问题，可以直接向我咨询。