公司名称变更后，若与公积金签的三方协议名字仍是以前的名字，一般情况下不能直接扣款，但可通过办理变更手续后正常扣款。具体分析如下：

1. 协议主体变更的必要性
   根据《民法典》第五百三十二条，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更而不履行合同义务。但公积金扣款涉及资金划转的行政合规性，若公司名称已变更，原协议中的主体名称与工商登记信息不一致，可能导致公积金管理中心系统无法识别扣款指令，甚至因主体不符拒绝扣款。因此，从实际操作层面，需及时办理协议主体变更手续。

2. 变更手续的办理流程

   • 准备材料：需提供工商部门出具的《名称变更核准通知书》、新营业执照副本、原三方协议、公章等。
     
   • 提交申请：向当地公积金管理中心提交变更申请，填写《住房公积金缴存单位信息变更登记表》。
     
   • 审核与更新：公积金管理中心审核通过后，会更新系统中的单位名称信息，原协议效力延续至新协议生效。
     
   • 特殊情况：若变更期间需紧急扣款，可与公积金管理中心协商，提供临时说明文件，但长期仍需完成正式变更。

3. 未及时变更的风险

   • 扣款失败：系统自动比对名称不符时，可能直接终止扣款，导致员工公积金断缴。
     
   • 行政处罚：根据《住房公积金管理条例》第三十七条，单位不办理变更登记的，可处1万元以上5万元以下罚款。
     
   • 劳动纠纷：员工可能以“未依法缴纳公积金”为由主张权益，要求公司补缴或赔偿。

建议：公司名称变更后，应优先办理公积金三方协议的主体变更手续，确保扣款连续性。若已出现扣款问题，需立即联系公积金管理中心说明情况，并补交变更材料。如有进一步疑问，可直接向我咨询公积金合规管理相关问题。