赔偿金按实发工资计算并不一定违法，但具体是否合法需根据赔偿金的种类和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 工伤保险赔偿：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤保险待遇中的部分项目，如一次性伤残补助金、伤残津贴等，其计算基数通常为职工本人工资。这里的“本人工资”是指工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资，而非实发工资。但如果用人单位未依法缴纳工伤保险费，导致工伤职工无法享受工伤保险待遇的，由用人单位按照工伤保险待遇项目和标准支付费用，此时若按实发工资计算且实发工资不低于应缴费工资标准，则不违法；若实发工资低于应缴费工资标准，则可能因未足额支付赔偿而违法。
   • 举例：若某职工月缴费工资为5000元，但实发工资为4000元（因扣除社保、公积金等），在发生工伤后，其一次性伤残补助金应按5000元为基数计算，而非4000元。若用人单位按4000元计算并支付，则可能违法。

2. 经济补偿金（劳动合同解除或终止时）：

   • 根据《劳动合同法》的规定，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且应按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，而非实发工资（实发工资可能扣除了社保、公积金、个税等）。但若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金按实发工资计算，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则可能按约定执行。
   • 举例：若某职工在劳动合同解除前12个月的平均工资（应得）为6000元，但实发工资为5000元（因扣除社保、公积金等），则经济补偿金应按6000元为基数计算。若劳动合同中明确约定按实发工资计算，且该约定合法，则可能按5000元计算。

3. 其他赔偿金：

   • 对于其他类型的赔偿金，如因用人单位违法行为导致劳动者损失的赔偿金等，其计算基数和方式需根据具体法律规定和案件事实来判断。若法律规定或双方约定按实发工资计算，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则可能按实发工资计算；否则，应按法律规定或双方约定的其他方式计算。

法律建议：

• 在涉及赔偿金计算时，建议劳动者和用人单位首先查阅相关法律法规和劳动合同中的约定，明确赔偿金的种类和计算基数。
• 若对赔偿金的计算方式存在争议，建议咨询专业律师或劳动争议调解仲裁机构，以维护自身合法权益。
• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利和赔偿金等方面的约定，确保自己的权益得到充分保障。

可能法律后果：

• 若用人单位未按法律规定或劳动合同约定支付赔偿金，劳动者有权向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付足额的赔偿金。
• 若用人单位因违法行为导致劳动者损失且未依法赔偿的，还可能面临行政处罚或刑事责任等法律后果。