若股东起诉公司存在虚假发放工资的情况并申请会计鉴定，公司应积极应对，具体处理方式如下：

1. 配合鉴定程序：

   • 公司应首先配合法院或鉴定机构的要求，提供相关的财务资料、工资发放记录、员工合同等必要文件。这些资料是会计鉴定的基础，对于证明公司工资发放的真实性至关重要。
   • 公司应确保提供的资料真实、完整，不得隐瞒或篡改，以免因资料不实而承担不利法律后果。

2. 准备反驳证据：

   • 针对股东的指控，公司应积极收集并整理反驳证据，如员工实际出勤记录、工作成果、绩效考核表等，以证明工资发放与员工实际贡献相符。
   • 若公司有完善的财务管理制度和内部审计机制，也可提供相关证据，以证明公司工资发放的合规性和合理性。

3. 参与鉴定过程：

   • 公司有权参与会计鉴定的全过程，包括鉴定机构的选定、鉴定方法的确定等。公司应积极行使这一权利，确保鉴定过程的公正性和客观性。
   • 在鉴定过程中，公司可就鉴定方法、鉴定依据等提出专业意见，与鉴定机构进行充分沟通，以确保鉴定结果的准确性。

4. 应对鉴定结果：

   • 若鉴定结果支持公司的主张，即工资发放真实、合规，公司可将此作为有力证据，在诉讼中反驳股东的指控。
   • 若鉴定结果对公司不利，即存在虚假发放工资的情况，公司应认真分析原因，积极整改，并考虑与股东进行和解或协商，以减轻法律后果。若无法达成和解，公司应积极准备应诉，就鉴定结果提出合理的反驳和解释。

5. 法律风险防范：

   • 为避免类似纠纷的再次发生，公司应加强财务管理和内部控制，确保工资发放的合规性和透明度。
   • 公司可定期对财务状况进行审计和自查，及时发现并纠正可能存在的问题，以降低法律风险。