关于人力资源有限公司能否盖普通高校就业协议书的章，这主要取决于该公司的性质和与您的就业关系。

首先，我们需要明确的是，高校毕业生就业协议书上的盖章，通常代表用人单位对毕业生就业意向的确认。这个章可以是用人单位的公章，也可以是单位人力资源部的印章，这取决于用人单位的内部管理规定。

对于人力资源有限公司，如果它是您实际就业的单位，即您与该公司签订了劳动合同，或者该公司是您的直接雇主，那么它完全有资格在您的就业协议书上盖章。这种情况下，盖章代表该公司对您的就业意向的确认，是符合规定的。

然而，如果人力资源有限公司并不是您的实际就业单位，而是仅仅作为中介或者代理机构存在，那么它通常没有资格在您的就业协议书上盖章。因为就业协议书是毕业生与用人单位之间签订的，代表双方就业意向的协议，中介或代理机构并不能代表用人单位的立场和意愿。

另外，根据您提供的参考信息，高校毕业生就业协议书盖章的具体流程可能因地区而异。以商丘市为例，毕业生需要持已与用人单位签订好的就业协议书一式三份（用人单位盖公章或单位人力资源部的印章），到指定的人才交流中心办理相关手续。这进一步说明了盖章的主体应该是用人单位或者其人力资源部门，而不是中介或代理机构。

因此，我的建议是：在签订就业协议书前，请务必确认盖章的主体是否为您实际就业的单位。如果人力资源有限公司是您的实际就业单位，那么它可以在协议书上盖章；如果不是，那么您应该要求您的实际就业单位在协议书上盖章，以确保您的权益得到保障。