实习生在自主实习期间签订两家公司的三方协议，一般情况下不会直接影响毕业，但可能带来一系列其他问题和风险。以下从不同角度为你详细分析：
一、三方协议与毕业的关系
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要解决的是毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题，并不直接与毕业挂钩。学校通常不会因为学生签订了多家公司的三方协议而拒绝发放毕业证书，因为毕业的主要依据是学生是否完成了学业要求，如修满学分、通过论文答辩等。
二、签订多家三方协议可能带来的问题
违约风险：
- 如果你与两家公司都签订了三方协议，但最终只能选择一家公司入职，那么你就需要对另一家公司承担违约责任。这可能包括支付违约金、赔偿损失等。
- 违约行为还可能影响你的个人信用记录，对未来求职产生不利影响。
法律纠纷：
- 如果两家公司都对你提出了入职要求，而你无法同时满足，可能会引发法律纠纷。例如，公司可能以你违约为由提起诉讼，要求你承担法律责任。
- 在处理这类纠纷时，你可能会面临时间、精力和经济上的多重压力。
学校规定：
- 虽然学校通常不会直接因为签订多家三方协议而拒绝发放毕业证书，但有些学校可能有相关规定，禁止学生在实习期间或毕业前签订多家公司的就业协议。
- 如果违反学校规定，你可能会受到学校的纪律处分，如警告、记过等，这虽然不影响毕业，但会对你的个人声誉和未来发展产生一定影响。
三、建议与措施
了解学校规定：
- 在签订三方协议前，务必了解学校的相关规定和要求，确保自己的行为符合学校规定。
谨慎选择：
- 在实习期间，尽量选择一家自己最感兴趣、最符合职业规划的公司签订三方协议。如果确实需要比较多家公司，可以在签订前与公司沟通，了解公司的入职要求和违约责任。
及时沟通：
- 如果已经签订了多家公司的三方协议，但发现自己无法同时满足两家公司的入职要求，应及时与其中一家公司沟通，协商解除协议或承担违约责任。
寻求法律帮助：
- 如果在处理这类问题时遇到法律纠纷或无法解决的问题，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总结来说，实习生在自主实习期间签订两家公司的三方协议，虽然不会直接影响毕业，但可能带来违约风险、法律纠纷和学校规定等方面的问题。因此，建议你在签订前谨慎选择、了解学校规定，并在遇到问题时及时沟通、寻求法律帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的咨询，可以直接向我提问。