在交通事故赔偿中，关于保险公司是否会去除公司病假工资来赔偿误工费的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素。
首先，我们要明确误工费和病假工资的概念及性质：
- 误工费：是因交通事故导致受害人无法正常工作而实际减少的收入，是赔偿义务人（如肇事者或保险公司）应向赔偿权利人（受害人）支付的费用，其本质是对受害人收入损失的补偿。
- 病假工资：是职工因病或非因工负伤，在法律规定的医疗期内由单位支付的工资，是职工因生病或受伤享有的福利待遇。
接下来，我们根据相关法律法规和实际情况来分析：
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条，误工费根据受害人的误工时间和收入状况确定，受害人有固定收入的，误工费按照实际减少的收入计算。
- 《民法典》第一千一百七十九条也规定，侵害他人造成人身损害的，应当赔偿因误工减少的收入。
处理原则：
- 在处理交通事故误工费时，首要步骤是确认受害人在受伤、治疗期间是否领取了病假工资。
- 如果受害人所在企业在其误工期间支付了病假工资，那么这部分工资应被视为已弥补的部分收入损失。在计算误工费时，需将已支付的病假工资扣除，仅赔偿实际减少的收入部分。
- 如果单位停发了全部工资，保险公司则按照受害人正常工作时的收入标准，结合误工时间来赔偿误工费。
特殊情况：
- 如果交通事故发生在工作期间或因工作原因导致，并被认定为工伤，职工在治疗期间将享受工伤保险待遇，包括停工留薪期内的原工资福利待遇。此时，赔偿将依据工伤保险条例的规定进行，而不仅仅是赔偿病假扣除的工资。
- 某些商业保险合同可能对误工费的赔偿标准和范围有特别约定，如只赔偿按比例计算的收入损失或对最高赔偿金额进行限制。此时，保险公司将按合同约定进行赔偿。
总结与建议：
保险公司并非仅赔偿单位因病假扣除的工资，而是根据受害人的实际收入损失、保险合同约定、是否构成工伤以及相关法律法规的规定来综合确定赔偿范围。因此，在遭遇交通事故后，建议您及时咨询专业律师或相关机构，以了解自己的权益和赔偿途径。同时，保留好相关证据，如收入证明、工资发放记录、误工时间证明等，以便在申请赔偿时能够提供充分的依据。