被纪检监察机关立案调查期间，工资的处理需根据调查结果及人员身份分情况讨论，具体如下：

1. 若调查后未发现违法违纪行为
   根据《中华人民共和国监察法》及相关规定，纪检监察机关立案调查期间，若最终未认定被调查人存在违法违纪行为，其工资待遇应全额恢复，包括基本工资、津贴补贴等，且调查期间停发的部分应予以补发。此情形下，被调查人的合法权益不受影响。

2. 若调查后认定存在违法违纪行为但未达到开除处分标准
   若被调查人被给予警告、记过、记大过、降级、撤职等政务处分（未开除公职），根据《行政机关公务员处分条例》或《事业单位工作人员处分暂行规定》，其工资待遇需按处分类型调整：

   • 降级处分：降低岗位等级，相应调整工资标准；
     
   • 撤职处分：撤销现任职务，按降低后的岗位重新确定工资；
     
   • 其他处分：根据具体规定扣减绩效工资或津贴补贴。
     注意：处分期间若表现良好，期满后可按程序恢复工资待遇。

3. 若调查后认定存在严重违法违纪行为并被开除公职
   若被调查人被开除公职，其与单位的劳动关系自处分决定生效之日起终止，工资待遇自次月起停发，且不再享受原单位提供的任何福利（如社保、公积金等）。此后若涉及刑事犯罪，还可能面临刑事处罚及财产追缴。

4. 特殊身份人员（如党员、国企管理人员）的补充规定

   • 党员：若同时违反党纪，可能面临党纪处分（如警告、严重警告、撤销党内职务等），党纪处分可能影响党内职务津贴或绩效工资；
     
   • 国企管理人员：若涉及贪污受贿等经济犯罪，除行政处分外，还可能被要求退缴违法所得，工资中已发放的非法所得部分需追回。

建议：若您或您身边的人正面临此类情况，建议保留工资条、处分决定书等证据，以便后续维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体身份（如公务员、事业编、国企员工等）为您提供更精准的分析。