当刑事案件在受理之后被认为已经过了追诉期，其处理方式需要严格依据法律规定，并结合案件的具体情况来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、追诉时效的法律规定
首先，我们需要明确追诉时效的法律依据。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪经过一定的期限后，将不再被追诉。这个期限根据犯罪行为的法定最高刑来确定：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
二、追诉时效的计算与特殊情形
追诉期限通常从犯罪之日起计算，但如果犯罪行为有连续或者继续状态的，则从犯罪行为终了之日起计算。此外，还有一些特殊情形不受追诉时效的限制：
- 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判的；
- 被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的。
三、已过追诉期的处理方式
一般情况下的处理：
- 如果案件在受理时已经过了追诉时效，且不存在上述不受追诉时效限制的情形，司法机关将不再对犯罪嫌疑人进行刑事追诉。此时，案件可能被视为已结案或撤销案件。
特殊情况下的处理：
- 如果在追诉时效期间内，司法机关已经立案侦查或受理案件，但犯罪嫌疑人逃避侦查或审判，即使后来超过追诉时效，司法机关仍可以继续追究其刑事责任。
- 如果被害人在追诉期限内提出控告，而司法机关应立案而未立案，导致案件超过追诉时效，被害人有权要求司法机关依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。在这种情况下，司法机关可能需要重新审查案件，并决定是否启动追诉程序。
其他法律后果：
- 即使案件已过追诉时效，犯罪嫌疑人仍可能面临民事赔偿责任或其他非刑事处罚措施，如行政处罚。
- 对于某些特定类型的犯罪，如危害国家安全犯罪，可能存在特殊的追诉规定或政策考量。
四、综合建议
在处理此类案件时，建议司法机关严格遵循法律规定，确保追诉时效的准确计算和适用。同时，对于存在特殊情形的案件，应进行深入细致的审查，以保障被告人的合法权益和被害人的追诉权利。如果案件确实已过追诉时效且不存在特殊情形，司法机关应依法作出不予立案、撤销案件、不起诉或终止审理等决定。
希望以上解答能够为您提供清晰、详细、有深度的指导。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。