当案件在受案后发现已经过了追诉期，处理方式需要严格依据《中华人民共和国刑法》及相关法律规定来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律基础与一般情况处理
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪经过一定的期限后，将不再被追诉。这个期限根据法定最高刑的不同而有所区别，可能是五年、十年、十五年或二十年。
一般处理原则：
- 立案阶段：如果公安机关或人民检察院在立案审查时发现案件已经过了追诉时效，那么将作出不予立案的决定。
- 侦查阶段：在侦查过程中，如果发现犯罪已经过了追诉时效，侦查机关应当撤销案件，停止侦查活动，并依法解除已经采取的强制措施，如拘留、逮捕等。
- 审查起诉阶段：人民检察院在审查案件时，如果认为犯罪已经过了追诉时效，将作出不起诉决定。如果犯罪嫌疑人此时在押，应立即释放。
- 审判阶段：如果法院在审理过程中发现案件已经过了追诉时效，应终止审理或宣告无罪。具体适用哪种情形，将根据案件事实来决定。
二、特殊情况处理
尽管一般情况下过了追诉期的案件将不再被追诉，但存在一些特殊情况，这些情况下不受追诉期限的限制：
逃避侦查或审判：
- 根据《中华人民共和国刑法》第八十八条，如果犯罪嫌疑人在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或在人民法院受理案件后逃避侦查或审判，那么不受追诉期限的限制。这意味着，即使案件已经超过了正常的追诉时效，仍然可以对其追究刑事责任。
应当立案而未立案：
- 如果被害人在追诉期限内提出了控告，并且人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而没有立案，那么该案件同样不受追诉期限的限制。这是为了保护被害人的合法权益，防止犯罪嫌疑人利用追诉期限来逃避法律责任。
三、总结与建议
在处理追诉期已过但被查出的案件时，司法机关必须严格遵守法律规定，确保司法公正与效率。对于一般情况下的案件，应依法撤销或不起诉，以保障被告人的合法权益。而对于特殊情况下的案件，则应依法追究刑事责任，以维护社会正义和被害人权益。
在实际操作中，司法机关应仔细审查案件事实与法律依据，确保每个案件的处理都符合法律法规的要求。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议咨询专业的法律人士，以获取更具体、更专业的法律建议。