公司起诉过员工职务侵占罪后，一般情况下不能直接撤销案件，但存在特定法定情形时，司法机关会依法撤销案件。以下从刑事和民事两个维度为你详细分析：

刑事诉讼程序中

职务侵占罪属于公诉案件，一旦公安机关立案侦查，即代表国家公权力已经介入，公司或个人通常无法自行决定销案。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，司法机关在以下特定法定情形下才会作出撤销案件的决定：

1. 情节显著轻微、危害不大：若经侦查发现，尽管存在职务侵占行为，但侵占数额极小，未达到职务侵占罪的立案标准（如根据相关司法解释，职务侵占数额需达三万元以上才应立案追诉），或行为的社会危害性极其轻微，不构成犯罪，此时公安机关可以撤销案件。

2. 犯罪已过追诉时效期限：《刑法》为不同犯罪行为规定了相应的追诉时效。若职务侵占行为发生后，已超过法定的追诉时效期限，则司法机关可撤销案件。例如，对于法定最高刑不满五年有期徒刑的犯罪行为，经过五年后将不再追诉。

3. 经特赦令免除刑罚：特赦是国家对特定犯罪人免除其刑罚全部或部分的执行。若职务侵占犯罪嫌疑人获得特赦令，司法机关将撤销案件。

4. 犯罪嫌疑人、被告人死亡：侦查过程中，若犯罪嫌疑人死亡，因其刑事责任具有人身专属性，无法继续刑事追究，公安机关应撤销案件。

5. 其他法律规定免予追究刑事责任的：若存在其他法律规定的免予追究刑事责任的特殊情形，司法机关亦会作出撤销案件的决定。

需特别注意的是：“依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉”这一情形并不适用于职务侵占案件，因为职务侵占罪不属于告诉才处理的范畴。

民事诉讼程序中

在刑事诉讼之外，公司还可以选择通过民事诉讼程序追究侵占者的民事责任，要求其返还侵占的财物并赔偿损失等。作为原告，公司在诉讼过程中可根据自身意愿决定是否撤诉。只要符合法律规定的撤诉条件，法院通常会准许撤诉。例如，双方达成和解协议，侵占者同意返还财物并给予相应赔偿后，公司即可向法院申请撤诉。

然而，即便犯罪嫌疑人退还了侵占的财物，这也仅作为量刑时的一个考量情节，并不意味着刑事案件能自动撤销。司法机关会全面考量犯罪的性质、具体情节、社会危害程度及犯罪嫌疑人的悔罪表现等因素，依法作出处理决定。

建议与指导

面对职务侵占问题，公司应积极配合公安机关的调查，提供必要证据。同时，若涉及复杂的法律问题或需要专业指导，你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供更具体的法律建议和帮助，确保你的合法权益得到有效维护。