针对未办理施工许可证，对建设单位和施工单位是分别立案还是合并立案的问题，这主要取决于具体的违法情形和行政机关的执法策略，但通常可以分别立案处理。以下从几个角度进行详细分析：

1. 违法主体与违法行为的独立性：

   • 建设单位和施工单位在未办理施工许可证的情况下进行施工，虽然都违反了《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，但它们是两个独立的违法主体，各自承担独立的法律责任。
   • 建设单位作为项目的发起者和组织者，有责任确保施工活动的合法性，包括办理施工许可证。施工单位则作为实际施工者，也有义务在施工前确认施工许可证的办理情况。
   • 因此，从违法主体和违法行为的独立性来看，行政机关可以对建设单位和施工单位分别进行立案调查。

2. 行政机关的执法策略：

   • 行政机关在执法过程中，会根据违法行为的性质、情节以及社会影响等因素，制定相应的执法策略。
   • 对于未办理施工许可证的违法行为，如果建设单位和施工单位的违法行为情节较轻，且能够积极配合调查、整改，行政机关可能会选择分别立案，对两者进行分别处罚。
   • 如果违法行为情节严重，或者存在串通、隐瞒等恶劣情节，行政机关也可能会考虑合并立案，以更全面地调查违法事实，确保处罚的公正性和有效性。但这种情况并非绝对，合并立案并非针对未办理施工许可证这一违法行为的常规处理方式。

3. 法律后果与处罚的独立性：

   • 无论行政机关选择分别立案还是合并立案，建设单位和施工单位都需要独立承担法律责任。
   • 根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，未办理施工许可证擅自施工的，行政机关可以责令停止施工，限期改正，并处以罚款等行政处罚。这些处罚是针对违法主体本身的，不会因立案方式的不同而有所改变。

建议：

• 对于建设单位和施工单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保在施工前办理好所有必要的许可手续，以避免不必要的法律风险和处罚。
• 如果已经发生了未办理施工许可证擅自施工的情况，应积极配合行政机关的调查和整改工作，以减轻可能的法律后果。

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