当机构合并时，原与第三方签订的合同通常继续有效，并由合并后的机构承继合同权利和义务。以下是对这一问题的详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。这意味着，当两个或多个机构合并为一个新的机构时，原机构与第三方签订的合同并不会因为合并而自动终止或失效。相反，这些合同将由合并后的新机构继续履行，新机构将承继原机构在合同中的所有权利和义务。
合同承继的具体情况
合同权利和义务的承继：
- 合并后的机构将自动成为原合同的一方当事人，享有原机构在合同中的权利，如收取款项、要求对方履行义务等。
- 同时，合并后的机构也将承担原机构在合同中的义务，如支付款项、提供服务或商品等。
合同条款的变更：
- 尽管合同的基本权利和义务由合并后的机构承继，但合同中的某些具体条款，如履行地点、履行方式等，可能需要根据合并后的实际情况进行协商和调整。
- 如果合同中有关于机构合并或变更的特别约定，如合并后合同自动终止或需要重新协商等，那么应按照这些特别约定来处理。
通知义务：
- 在机构合并后，应及时通知合同相对方关于合并的情况，以及合并后机构将承继原合同的权利和义务。
- 通知的方式可以是书面通知、公告或其他合法方式，具体取决于合同的约定和实际情况。
可能的法律后果
- 如果合并后的机构继续履行合同：那么合同将按照原约定继续执行，双方当事人应继续履行各自的义务。
- 如果合并后的机构拒绝履行合同或无法履行合同：那么可能构成违约行为，需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 如果合同相对方对合并后的机构承继合同权利和义务有异议：可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
建议
- 在机构合并前：应对所有与第三方签订的合同进行审查，了解合同的具体内容和条款，评估合并后可能对合同履行产生的影响。
- 在机构合并过程中：应及时与合同相对方沟通，告知合并的情况和合并后机构的承继意愿，确保合同的顺利履行。
- 在机构合并后：应密切关注合同的履行情况，及时处理可能出现的问题和争议，确保合并后的机构能够顺利承继原合同的权利和义务。
如果您在机构合并过程中遇到任何与合同相关的问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。