针对您提出的“甲方代付了农民工工资，税票怎么处理”的问题，这涉及到税务处理中的发票开具、税前扣除以及个人所得税代扣代缴等多个方面。以下是我为您提供的详细解答：
一、发票开具
根据国家税务总局的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，应按照实际业务由提供服务一方向接受服务一方开具发票。在您描述的场景中，如果建筑公司（服务提供方）与甲方（服务接受方）之间存在明确的合同关系，且建筑公司委托甲方代付农民工工资，那么建筑公司仍然需要向甲方开具相应的增值税发票，以证明其提供了服务并收取了款项。发票的开具应遵循实际业务情况，确保发票内容与实际业务相符。
二、税前扣除凭证
对于甲方代付的农民工工资，如果这部分支出是甲方为了获取建筑公司的服务而支付的，且该支出与甲方的生产经营活动相关，那么甲方在计算企业所得税应纳税所得额时，可以将这部分支出作为税前扣除项目。根据国家税务总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告，税前扣除凭证包括内部凭证和外部凭证。在这种情况下，甲方可以取得建筑公司开具的发票作为外部凭证，或者如果农民工个人无法开具发票，甲方可以取得收款凭证及内部凭证（如工资单、支付记录等）作为税前扣除的依据。但需要注意的是，收款凭证应载明收款单位名称（或个人姓名及身份证号）、支出项目、收款金额等相关信息，以确保其真实性和合法性。
三、个人所得税代扣代缴
根据个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。在甲方代付农民工工资的情况下，如果甲方对支付的对象和支付数额有决定权，那么甲方应视为扣缴义务人，负责代扣代缴农民工的个人所得税。具体来说，甲方需要根据农民工的工资收入情况，按照个人所得税法的规定计算应缴纳的个人所得税，并在支付工资时一并扣缴。如果农民工的工资属于任职受雇所得，应按工资薪金代扣代缴个人所得税；如果属于劳务报酬所得，则按劳务报酬所得代扣代缴个人所得税。
四、建议与注意事项
留存相关资料：为了应对可能的税务稽查，甲方和建筑公司都应留存好相关资料，包括合同、发票、收款凭证、工资单、支付记录等，以证明资金流向和业务真实性。
合规操作：在处理税务问题时，应确保所有操作都符合国家税务总局的相关规定和要求，避免出现违规行为。
咨询专业机构：如果对于税务处理存在疑问或不确定的地方，建议咨询专业的税务机构或律师，以获取更准确和专业的指导。
综上所述，甲方代付农民工工资时，应确保发票的开具符合实际业务情况，妥善处理税前扣除凭证，并依法履行个人所得税代扣代缴义务。希望这些解答能对您有所帮助。如有其他疑问，请随时咨询。