结论前置：双方协议中已确定了费用，在特定情况下仍然可以申请鉴定。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议确定费用与申请鉴定的关系
在合同纠纷中，双方协议确定费用是常见做法，这体现了合同自由原则。然而，协议确定费用并不意味着该费用就绝对不可更改或无法通过其他途径进行验证。在某些情况下，即使协议中已经确定了费用，当事人仍然有权申请鉴定，以确认费用的合理性或准确性。
二、可以申请鉴定的情形
费用存在争议：如果双方对协议中确定的费用存在争议，例如一方认为费用过高或过低，且无法通过协商达成一致，那么任何一方都有权申请鉴定，以确定一个更为合理的费用标准。
费用计算方式复杂或存在歧义：如果协议中确定的费用计算方式复杂或存在歧义，导致双方对费用的理解不一致，那么申请鉴定可以作为一种解决争议的方式。鉴定机构可以根据专业知识和经验，对费用计算方式进行解释和计算，从而确定一个更为准确的费用金额。
涉及专业评估或鉴定的事项：如果协议中确定的费用涉及专业评估或鉴定的事项，例如工程价款、艺术品价值等，那么申请鉴定是必要的。因为这些事项往往需要专业的知识和技能才能进行准确评估，而鉴定机构正是具备这些专业知识和技能的机构。
三、申请鉴定的程序和注意事项
选择鉴定机构：当事人应当选择具有相应资质和信誉的鉴定机构进行鉴定。在选择鉴定机构时，可以考虑其专业领域、鉴定经验、鉴定费用等因素。
提交鉴定申请：当事人应当向选定的鉴定机构提交鉴定申请，并提供相关证据材料。鉴定申请应当明确鉴定事项、鉴定目的和鉴定要求等内容。
配合鉴定工作：在鉴定过程中，当事人应当积极配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和支持。例如，提供鉴定所需的资料、现场勘查等。
尊重鉴定结果：鉴定机构出具的鉴定报告具有专业性和权威性，当事人应当尊重鉴定结果。如果对鉴定结果有异议，可以在规定时间内提出复议或申请重新鉴定。
四、法律后果
如果当事人申请鉴定并获得了鉴定结果，那么该鉴定结果将作为解决合同纠纷的重要依据。如果鉴定结果支持了一方的主张，那么另一方可能需要承担相应的法律责任，例如支付额外的费用或承担违约责任等。
总结与建议：在合同纠纷中，即使双方协议中已经确定了费用，但在特定情况下仍然可以申请鉴定。如果你面临类似的情况，建议先尝试与对方协商解决争议；如果协商无果，可以考虑申请鉴定以确认费用的合理性或准确性。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。