结论前置：甲方指挥乙方开发票是否违法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若甲方指挥乙方开具与实际交易相符的发票，且乙方具备开票资格，则不违法
   根据《中华人民共和国发票管理办法》规定，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。若甲乙双方存在真实交易，甲方要求乙方按实际交易内容（如金额、品名等）开具发票，且乙方具备开票资格（如已办理税务登记、领取发票），则该行为合法。例如，甲方购买乙方货物后要求乙方开具增值税专用发票，符合税法要求。

2. 若甲方指挥乙方开具与实际交易不符的发票（如虚开发票），则违法
   根据《刑法》第二百零五条及《发票管理办法》第二十二条，虚开发票包括三种情形：

   • 无真实交易而开具发票：如甲乙双方无实际业务，甲方要求乙方开具发票用于报销、抵扣税款等；
     
   • 交易内容与发票不符：如实际交易金额为1万元，但甲方要求乙方开具金额为10万元的发票；
     
   • 让他人为自己虚开发票：如甲方通过乙方获取第三方开具的与实际业务无关的发票。
     此类行为可能构成虚开发票罪或逃税罪，需承担刑事责任（如罚金、拘役甚至有期徒刑），同时需补缴税款、滞纳金及罚款。

3. 若乙方不具备开票资格而甲方仍要求其开具发票，可能涉及连带违法风险
   若乙方未办理税务登记或未领取发票，但甲方仍要求其开具发票，可能涉及以下问题：

   • 乙方可能通过非法途径获取发票（如购买假发票），此时甲方可能因“使用非法发票”被税务机关处罚；
     
   • 若乙方以其他单位名义开具发票（如“代开发票”），可能构成“非法代开发票”，甲方作为接受方同样需承担法律责任。

建议：

• 甲方应确保要求乙方开具的发票与实际交易一致，并核实乙方是否具备合法开票资格；
  
• 乙方应拒绝开具与实际业务不符的发票，避免因虚开发票被追究刑事责任；
  
• 若双方对开票问题存在争议，可要求乙方提供税务登记证明、发票领购簿等材料，或向税务机关咨询确认。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。