结论：买到运损车而4S店不承认的情况下，您确实可以申请司法鉴定，以证明车辆在购买前存在损伤。以下是对此问题的详细分析：
一、司法鉴定的法律依据与可行性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。在车辆买卖纠纷中，若您主张购买的是运损车，而4S店否认，则您需提供证据证明车辆在购买前已受损。
- 司法鉴定作为一种科学的、客观的证据收集方式，被广泛应用于各类民事纠纷中，包括车辆买卖纠纷。通过司法鉴定，可以确定车辆损伤的时间、原因及程度，为纠纷的解决提供有力依据。
可行性：
- 在实际操作中，您可以委托具有相应资质的司法鉴定机构对车辆进行鉴定。鉴定机构将依据专业知识和技术手段，对车辆进行全面检查，并出具鉴定报告。
- 若鉴定报告显示车辆在购买前已受损，且该损伤与您主张的运损情况相符，则该报告将成为您维权的重要证据。
二、申请司法鉴定的流程与注意事项
申请流程：
- 选择鉴定机构：您应选择具有车辆损伤鉴定资质的司法鉴定机构进行鉴定。可以通过查询相关资质证书、了解机构信誉等方式进行筛选。
- 提交鉴定申请：向选定的鉴定机构提交鉴定申请，并提供相关证据材料，如购车合同、车辆照片、维修记录等。
- 配合鉴定工作：按照鉴定机构的要求，配合进行车辆检查、提供必要的信息等。
- 获取鉴定报告：鉴定机构完成鉴定后，将出具鉴定报告。您应认真阅读报告内容，了解鉴定结论及依据。
注意事项：
- 及时申请：在发现车辆可能存在运损情况后，应尽快申请司法鉴定，以免因时间拖延导致证据灭失或难以收集。
- 保留证据：在申请鉴定前及鉴定过程中，应妥善保留所有与车辆损伤相关的证据材料，如照片、视频、维修记录等。
- 选择正规机构：务必选择具有合法资质和良好信誉的司法鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的客观性和准确性。
三、后续维权建议
- 与4S店协商：在获得鉴定报告后，您可以首先尝试与4S店进行协商，要求其承认车辆存在运损情况，并承担相应的责任，如退车、换车或赔偿损失等。
- 提起诉讼：若协商无果，您可以依据鉴定报告及其他证据材料，向人民法院提起诉讼，要求4S店承担违约责任或侵权责任。在诉讼过程中，鉴定报告将作为重要证据，支持您的主张。
最后，若您在车辆买卖过程中遇到类似纠纷，或需要进一步的法律咨询和帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。