结论：车辆使用过5年后才发现是运损车，能否追究4S店退一赔三的责任，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 关于“退一赔三”的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第五十五条，经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或者接受服务的费用的三倍；增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。法律另有规定的，依照其规定。
   • 这意味着，如果4S店在销售车辆时存在欺诈行为，如故意隐瞒车辆是运损车的事实，那么消费者有权要求退一赔三。

2. 关于欺诈行为的认定：

   • 欺诈行为通常要求经营者具有主观故意，即明知车辆是运损车而故意隐瞒或虚假陈述。
   • 如果4S店在销售时并不知情车辆是运损车，或者虽然知情但并未故意隐瞒，而是由于疏忽或管理不善导致消费者在购买后才发现，那么可能不构成欺诈行为。

3. 关于诉讼时效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
   • 然而，在消费者权益保护领域，对于欺诈行为的诉讼时效可能存在特殊规定或解释。但一般来说，如果消费者在购买车辆后5年才发现是运损车，且没有证据表明在此期间曾向4S店提出过异议或主张过权利，那么可能会面临诉讼时效已过的问题。不过，具体还需根据当地法院的司法实践和解释来判断。

4. 关于证据收集：

   • 如果消费者想要追究4S店的责任，需要收集充分的证据来证明4S店存在欺诈行为。
   • 证据可能包括购车合同、车辆维修记录、4S店的宣传资料、销售人员的话语记录等。这些证据需要能够证明4S店在销售时明知车辆是运损车而故意隐瞒或虚假陈述。

5. 实际操作建议：

   • 如果消费者发现车辆是运损车，并且怀疑4S店存在欺诈行为，建议首先与4S店进行协商，看是否能够达成和解或赔偿协议。
   • 如果协商无果，消费者可以考虑向消费者协会或相关监管部门投诉，寻求帮助和支持。
   • 最后，如果必要的话，消费者可以咨询专业律师（如我），并考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结与进一步思考：车辆使用过5年后才发现是运损车，能否追究4S店退一赔三的责任，取决于多个因素，包括4S店是否存在欺诈行为、诉讼时效是否已过、以及消费者能否收集到充分的证据等。因此，建议消费者在遇到此类问题时，及时咨询专业律师（如我），以便更好地了解自己的权利和义务，并制定合适的维权策略。