当案件从公安机关移送到检察院后，检察院审查起诉阶段发现存在两个罪名的情况，通常有以下几种处理方式，我会结合法律实务为你详细说明：

1. 检察院可能以两个罪名分别提起公诉

如果检察院审查后认为，两个罪名均事实清楚、证据充分，且符合起诉条件，会以两个罪名向法院提起公诉。例如：

• 案例场景：嫌疑人因涉嫌诈骗罪（如虚构项目骗取投资）被公安机关移送审查起诉，检察院审查时发现其还存在非法吸收公众存款的行为（如未经批准向不特定人吸收资金），且两行为独立构成犯罪。
• 法律后果：法院会分别审理两个罪名，最终可能数罪并罚（根据《刑法》第六十九条，总和刑期以下、数刑中最高刑期以上酌情决定执行刑期）。

2. 检察院可能合并或调整罪名后起诉

如果两个罪名存在关联性或法律适用争议，检察院可能：

• 合并罪名：如将“非法经营罪”与“生产、销售伪劣产品罪”合并为“非法经营且销售伪劣产品”，但需符合法律对罪名竞合的规定（如《刑法》第一百四十条与第二百二十五条的竞合处理）。
• 调整罪名：如公安机关以“故意伤害罪”移送，但检察院审查后认为行为更符合“寻衅滋事罪”的构成要件（如随意殴打他人、情节恶劣），会以调整后的罪名起诉。

3. 检察院可能对部分罪名不起诉

如果检察院认为其中一个罪名证据不足或不符合起诉条件，会作出存疑不起诉或法定不起诉的决定。例如：

• 证据不足：如诈骗罪的“非法占有目的”证据不充分，但非法吸收公众存款罪的证据确凿，检察院可能仅对后者起诉。
• 情节轻微：如其中一个罪名属于“情节显著轻微、危害不大”，检察院可能依据《刑事诉讼法》第一百七十七条作出不起诉决定。

4. 嫌疑人/被告人的应对建议

无论检察院如何处理，你作为当事人或家属需重点关注以下事项：

• 审查起诉阶段的权利：检察院会讯问嫌疑人，并听取辩护人意见。此时是提出无罪、罪轻或证据异议的关键时机，建议委托律师介入。
• 罪名差异的影响：不同罪名的量刑标准差异较大（如诈骗罪最高可判无期徒刑，非法吸收公众存款罪最高十年有期徒刑），需结合具体情节评估法律风险。
• 数罪并罚的规则：若最终数罪并罚，法院会综合考虑各罪情节、社会危害性等，但总和刑期不超过三十五年（有期徒刑总和刑期不满三十五年的，最高不超过二十年；总和刑期在三十五年以上的，最高不超过二十五年）。

5. 实务中的常见争议点

• 罪名认定分歧：如“诈骗罪”与“合同诈骗罪”的区分（后者需利用合同形式骗取财物），或“非法经营罪”与“非法吸收公众存款罪”的界限（后者需满足“向不特定人吸收资金”等要件）。
• 证据链完整性：检察院需证明每个罪名的构成要件（如主观故意、客观行为、危害结果等），若某一罪名的证据存在瑕疵，可能被不起诉或法院不予认定。

总结：检察院对两个罪名的处理方式取决于证据充分性、罪名关联性及法律适用，最终可能数罪并罚、部分不起诉或调整罪名。建议及时委托律师阅卷、提交辩护意见，以最大限度维护合法权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律为你详细分析。