针对非法运输烟草（特别是假烟）的车辆处理问题，这是一个涉及法律多个层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：
一、处理原则与车辆性质判定
首先，处理非法运输烟草的车辆，必须基于具体案情，特别是车辆所有权人及驾驶员的知情程度与参与情况。若他们确实不知情且无违法故意，车辆通常不会被没收，但执法部门为调查取证可能会暂时扣押车辆，待情况查明后应及时返还。若车辆所有人或驾驶员明知所运输的是非法烟草（如假烟）仍参与运输，则车辆将被视为实施违法行为的工具，可能面临更严厉的处罚。
二、行政处罚措施
车辆扣押：根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，烟草专卖行政主管部门或相关执法机构（如公安）有权对涉嫌非法运输烟草专卖品的车辆进行扣押，并在调查期间妥善保管。
罚款与收购：对于无准运证或超过准运证规定数量托运、自运烟草专卖品的行为，将处以违法运输烟草专卖品价值20%至50%的罚款。同时，烟草专卖行政主管部门可按查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的70%收购违法运输的烟叶，按市场批发价格的70%收购其他烟草专卖品。
车辆没收：在情节严重的情况下，如车辆被专门用于非法运输烟草，且违法所得较大，烟草专卖行政主管部门或司法机关可能会决定没收违法运输的烟草专卖品及违法所得，甚至没收专门用于非法运输的车辆。
三、刑事处罚规定
若运输非法烟草的行为达到一定情节标准，可能构成犯罪，如生产、销售伪劣产品罪或非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定：
生产、销售伪劣产品罪：销售金额达到五万元以上即可能构成犯罪，根据销售金额的不同区间，将面临不同年限的有期徒刑、拘役及罚金处罚。特别严重情况下，可能面临十五年有期徒刑、无期徒刑或没收财产。
非法经营罪：违反国家规定进行非法经营行为，扰乱市场秩序且情节严重的，将处五年以下有期徒刑或拘役，并处或者单处罚金。情节特别严重的，将面临更严厉的刑罚。
在刑事案件中，若车辆被认定为犯罪工具，法院可能会判决予以没收。
四、法律程序与证据收集
处理此类案件时，必须严格遵循法定程序，包括调查取证、听证、裁决等环节。证据的收集至关重要，应包括现场勘查记录、物证（如非法烟草、运输工具）、证人证言、书证（如运输合同、发票）以及视听资料等。这些证据将为案件的公正处理提供有力支持。
五、建议与总结
对于车辆所有权人及驾驶员而言，了解非法运输烟草的法律责任及可能面临的后果至关重要。建议所有人严格遵守法律法规，不参与任何形式的非法运输活动。若疑似涉及非法运输烟草的情况，应积极配合执法部门的调查，以维护社会的法制秩序和公共利益。
综上所述，非法运输烟草的车辆处理方式是一个综合且严格的过程，涉及多个环节和法律法规。希望以上解答能为您提供清晰、详细、有深度的参考。