您好，关于您提出的“公司用员工的证件办理许可证是否违法”的问题，这确实是一个涉及法律合规性的重要问题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：
一、法律法规依据
《中华人民共和国行政许可法》：该法第三十一条明确规定，申请人申请行政许可，应当如实向行政机关提交有关材料和反映真实情况，并对其申请材料实质内容的真实性负责。这意味着，如果公司使用员工的证件作为申请材料，而员工并未授权或不知情，那么这种行为就违反了该法的规定。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》：该条例第十七条也强调，申请人应当对提交材料的真实性、合法性和有效性负责。如果公司使用虚假或冒用的证件办理许可证，同样构成违法行为。
二、实际案例分析
以芜湖市鸠江区市场监督管理局处理的芜湖权衡建筑劳务有限公司案例为例，该公司涉嫌冒用他人身份信息作为法定代表人、执行董事兼总经理进行变更登记。经调查核实后，市场监管部门依法撤销了该公司的相关变更登记，并对相关责任人进行了处罚。这一案例充分说明了，使用他人证件办理公司登记或许可证是违法的，并会受到法律的制裁。
三、违法行为的后果
行政处罚：根据相关法律法规，对于提交虚假材料或采取其他欺诈手段取得企业登记或许可证的，市场监管部门将依法责令改正，没收违法所得，并处罚款。
信用惩戒：直接责任人还可能被列入市场监督管理严重违法失信名单，对其未来的商业活动和个人信用造成严重影响。
法律责任：在严重的情况下，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。
四、建议与措施
加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，确保员工证件的安全和合规使用。不得未经员工授权或知情，擅自使用其证件办理公司登记或许可证。
提高法律意识：公司应加强对员工的法律培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。确保员工了解并遵守相关法律法规，避免因无知而违法。
及时整改与报告：如果公司发现存在使用员工证件办理许可证的违法行为，应立即停止该行为，并及时向市场监管部门报告。积极配合市场监管部门的调查和处理工作，以减轻或避免法律责任。
综上所述，公司用员工的证件办理许可证是违法的，并会受到法律的制裁。因此，我建议您公司严格遵守相关法律法规，加强内部管理，提高法律意识，确保公司运营的合规性和安全性。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时与我联系。