总包单位在分包单位发不起农民工工资时，应当代付。这一结论主要基于以下法律分析和实际操作考量：
法律依据与责任界定
代发工资的制度要求：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着，法律明确赋予了总包单位代发农民工工资的权利和义务，以确保农民工工资的安全发放。
- 分包单位需按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。总包单位则根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户。
总包对工资支付的总责：
- 施工总承包单位对分包单位的劳动用工和工资发放情况负有监督责任。若分包单位拖欠农民工工资，施工总承包单位需先行清偿，再依法进行追偿。这一规定强化了总包单位在保障农民工工资支付中的关键地位，确保了农民工工资的及时、足额支付。
实际操作与意义
资金管控与监管便利：
- 总包单位在工程资金的掌握和调配方面通常具有更强的能力和资源。由总包单位来支付农民工工资，可以更好地对资金进行统筹安排和监管，确保农民工工资的及时支付，减少欠薪风险。
- 作为工程项目的核心管理者，总包单位对工程的进度、质量、人员等方面都有全面的了解和掌控。由总包单位负责支付农民工工资，便于其对分包单位的用工情况和工资发放情况进行监督和管理，一旦发现问题可以及时协调解决。
对农民工与建筑行业的积极影响：
- 对于农民工而言，这一制度显著减少了工资发放的中间环节，降低了被拖欠工资的风险，确保了其能够及时、足额收到工资，保障了基本生活和合法权益。
- 对于建筑行业而言，有助于规范建筑市场秩序，减少因工资纠纷引发的社会不稳定因素，提升建筑行业的整体形象和信誉，促进建筑行业的健康、可持续发展。
可能的法律后果与建议
- 法律后果：如果总包单位未能履行保障农民工工资支付的责任，可能会面临法律责任和声誉风险。例如，被相关部门处罚、影响企业信用评级等。
- 建议：总包单位在工程建设过程中，应严格遵守相关法律法规和合同约定，切实保障农民工的工资权益。同时，建议总包单位与分包单位在合同中明确约定工资支付的责任和义务，以及违约时的追偿机制，以降低法律风险。
综上所述，总包单位在分包单位发不起农民工工资时应当代付，这是法律的要求，也是保障农民工权益、维护社会稳定以及推动建筑行业健康发展的必要举措。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。