结论：店员侵占营业额12000元，即便退了钱，店主仍然可以追究其法律责任。

分析如下：

1. 刑事责任角度：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，侵占罪是指以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。店员侵占营业额12000元，若该数额达到当地侵占罪的立案标准（一般为一万元以上，但具体标准可能因地区而异），且店员在退钱之前存在拒不交还的行为，那么店员可能构成侵占罪。即便店员后来退了钱，也不影响其之前行为的违法性，店主仍然可以向公安机关报案，要求追究店员的刑事责任。不过，如果店员在店主发现之前已经主动退还了全部款项，且没有造成其他严重后果，那么根据具体情况，可能不构成犯罪或者可以酌情从轻处理。但在此案例中，由于店员已经实施了侵占行为，且数额较大，退钱并不免除其可能面临的刑事责任，只是可能在量刑时作为一个考虑因素。

2. 民事责任角度：

   • 店员侵占营业额的行为，也侵犯了店主的财产权。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。店主有权要求店员赔偿因其侵占行为所造成的损失。即便店员已经退了钱，但如果店主因此遭受了其他损失（如利息损失、因追讨款项而产生的合理费用等），店主仍然有权要求店员进行赔偿。

3. 内部管理角度：

   • 除了法律责任外，店主还可以从内部管理的角度对店员进行处理。例如，根据店内的规章制度，对店员进行纪律处分、解雇等。这是店主作为用人单位的管理权体现，也是维护店内秩序和保障店主权益的重要手段。

建议：

• 店主在发现店员侵占营业额后，应首先收集相关证据（如监控录像、销售记录、证人证言等），以证明店员的侵占行为。
• 然后，店主可以根据具体情况选择向公安机关报案或者通过民事诉讼途径追究店员的法律责任。
• 同时，店主也可以考虑对店内进行内部整顿，加强财务管理和监督，防止类似事件再次发生。

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