工厂司机运输超载，公司是否负责需分情况讨论，具体如下：
若司机是在执行公司明确指示或职务行为时超载：
- 公司需承担责任。根据《民法典》第一千一百九十一条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。在此情况下，司机超载运输若是为了完成公司的运输任务，且公司对此行为未明确禁止或未提供足够的安全指导，那么公司应当对因超载可能引发的交通事故或行政处罚等后果承担责任。
- 司机个人也可能承担一定责任。尽管公司需承担主要责任，但如果司机在明知超载违法且可能引发危险的情况下仍故意为之，司机个人也可能因过错而承担相应的法律责任，如行政处罚或民事赔偿中的部分责任。
若司机超载行为非公司指示或超出职务范围：
- 公司一般不需承担直接责任。如果司机超载运输是出于个人原因，如为了多赚运费、节省时间等，且该行为未经公司同意或超出公司规定的运输范围，那么公司通常不需对司机的超载行为承担直接责任。
- 司机需自行承担法律责任。在此情况下，司机需自行承担因超载可能引发的行政处罚、民事赔偿等法律责任。公司若因此受到牵连（如被交通管理部门处罚），有权向司机追偿。
额外建议与法律背景：
- 公司应加强管理：为了避免类似纠纷，公司应加强对司机的安全教育和培训，明确禁止超载等违法行为，并建立健全的运输管理制度和监督机制。
- 司机应遵守法律法规：司机作为运输行为的直接执行者，应严格遵守交通法规，不超载、不超速、不疲劳驾驶等，以确保自身和他人的安全。
- 法律后果：超载运输不仅可能引发交通事故，造成人员伤亡和财产损失，还可能面临交通管理部门的行政处罚，如罚款、扣分、吊销驾驶证等。在民事赔偿方面，超载行为可能加重司机或公司的赔偿责任。
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