医药公司给连锁门店单独供货是否会受到处罚，需结合具体情形判断，以下是不同情况的分析：

1. 若医药公司具备合法资质且供货行为合规
   若医药公司持有有效的《药品经营许可证》，且供货行为符合《药品管理法》《药品流通监督管理办法》等规定（如未向无资质单位供货、未超出经营范围、未违反价格管理规定等），则单独供货行为本身不违法，不会受到处罚。但需注意：

   • 连锁门店需具备独立的《药品经营许可证》（若为直营门店，可由总部统一配送；若为加盟门店，需单独核验资质）；
     
   • 供货合同、票据、质量检验报告等文件需齐全，确保药品来源可追溯；
     
   • 不得通过单独供货规避集中招标采购、两票制等监管要求。

2. 若医药公司或连锁门店存在资质缺陷

   • 医药公司无证经营：若医药公司未取得《药品经营许可证》或超出许可范围供货，将面临《药品管理法》第115条处罚，包括没收违法所得、罚款（货值金额15-30倍，不足10万元的按10万元计），情节严重者可能吊销许可证或责令停业整顿。
     
   • 门店无证经营：若连锁门店未取得《药品经营许可证》而接收供货，门店将面临同样处罚，医药公司可能因“向无资质单位供货”被追责。
     
   • 资质过期或未备案：若许可证过期未续展，或未按规定向监管部门备案供货关系，可能被责令改正、警告或罚款。

3. 若供货行为违反特定监管规则

   • 违反集中采购政策：若药品属于政府集中采购目录，医药公司未通过统一平台供货，可能被认定为“规避招标”，面临行政处罚或列入不良记录。
     
   • 违反两票制：在实行两票制的地区，若医药公司通过单独供货增加流通环节（如虚构中间商），可能被认定为“过票洗钱”，面临税务稽查和行政处罚。
     
   • 价格违法：若医药公司通过单独供货实施垄断协议、哄抬价格或价格欺诈，将面临《反垄断法》《价格法》处罚，包括没收违法所得、罚款（上一年度销售额1%-10%）或吊销营业执照。

4. 若药品质量或安全存在问题

   • 若供货药品存在假劣、过期、未按规定储存运输等问题，医药公司可能因“生产销售劣药”或“未遵守GSP规范”被处罚，包括没收违法药品、罚款（货值金额10-20倍），情节严重者可能吊销许可证或承担刑事责任。
     
   • 若因药品质量问题导致患者损害，医药公司还需承担民事赔偿责任。

建议：

• 医药公司应严格审核连锁门店资质，确保供货行为符合《药品管理法》《药品经营质量管理规范》（GSP）等要求；
  
• 完善内部合规制度，留存供货合同、票据、质量检验报告等文件，避免被认定为“无证经营”或“向无资质单位供货”；
  
• 关注地方政策（如集中采购、两票制实施细则），避免因政策理解偏差导致违规。
  

若有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。