医疗机构从药品零售企业非法购进药品是严重的违法行为，将面临一系列严厉的行政处罚，并可能承担民事赔偿责任乃至刑事责任。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，药品上市许可持有人、药品生产企业、药品经营企业和医疗机构应当从药品上市许可持有人或者具有药品生产、经营资格的企业购进药品；但是，购进未实施审批管理的中药材除外。这一规定确保了药品来源的合法性和质量的可靠性，以保障患者的用药安全。
二、具体法律后果
责令改正与没收：
- 监管部门将要求医疗机构立即停止非法购进药品的行为，并从合法途径采购药品。
- 同时，执法人员会收缴医疗机构通过非法渠道购进的全部药品，防止这些药品继续流通使用，危害患者健康。
没收违法所得与罚款：
- 如果医疗机构在使用或销售非法购进药品过程中有获利，这些违法所得将被全部没收。
- 根据违法情节轻重，医疗机构将面临不同幅度的罚款。一般情况下，罚款金额为违法购进药品货值金额的二倍以上十倍以下。若情节严重，如多次违法或导致严重药品安全事故，罚款金额将提高至货值金额的十倍以上三十倍以下。
吊销执业许可与停业整顿：
- 在情节严重的情况下，医疗机构的执业许可证书将被吊销，意味着医疗机构将失去合法开展医疗活动的资格。
- 此外，医疗机构还可能被责令停业整顿，以进一步纠正其违法行为。
民事赔偿与刑事责任：
- 如果非法购进的药品存在质量问题，导致患者人身损害等严重后果，医疗机构及相关责任人不仅需要承担民事赔偿责任，还可能因触犯刑法而被追究刑事责任。例如，可能构成生产、销售假药罪或生产、销售劣药罪等。
三、实际案例
以山东省药品监督管理局查处的一起案件为例，某大药房连锁有限公司从非法渠道购进“甲磺酸阿帕替尼片”并销售，被查处后受到了警告、没收违法所得4.69万元、罚款15万元的行政处罚。这一案例充分说明了非法购进药品的严重后果和法律责任。
四、建议与防范措施
为避免上述法律风险，医疗机构应采取以下措施：
- 严格遵守药品管理法律法规，从正规渠道购进药品。
- 加强内部管理，建立完善的药品采购、验收、使用等制度。
- 定期对员工进行药品管理法律法规的培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 与合法的药品供应商建立长期稳定的合作关系，确保药品的质量和供应。
综上所述，医疗机构从药品零售企业非法购进药品将面临严重的法律后果。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保药品来源的合法性和质量的可靠性，以保障患者的用药安全。