行政处罚中违法所得是否要扣除成本，需分情况讨论，具体如下：
一、法律原则与规定
在行政处罚领域，对于违法所得的计算，通常遵循“全部收入说”或“利润说”两种原则，但具体适用哪种原则，需依据相关法律法规及行政规章的规定。
全部收入说：即违法所得是指当事人实施违法行为所取得的全部收入，不扣除任何成本或费用。这种原则下，无论当事人是否盈利，只要其通过违法行为获得了收入，该收入即被视为违法所得。
利润说：即违法所得是指当事人实施违法行为所获得的利润，即收入减去成本后的净额。这种原则下，只有当事人通过违法行为获得了盈利，该盈利部分才被视为违法所得。
目前，我国行政处罚领域更倾向于采用“全部收入说”，即违法所得通常不扣除成本。这是因为行政处罚的目的在于惩罚和制止违法行为，而非仅仅针对当事人的盈利部分。将违法所得定义为全部收入，可以更有效地打击违法行为，维护市场秩序和公共利益。
二、具体法律法规的适用
虽然“全部收入说”是主流原则，但具体法律法规可能对违法所得的计算有特别规定。例如：
《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》：该办法明确规定，违法所得是指当事人实施违法行为所取得的全部收入，不扣除成本。这一规定体现了“全部收入说”的原则。
其他行业特定法规：在某些特定行业或领域，如药品管理、食品安全等，可能存在对违法所得计算的特别规定。这些规定可能根据行业特点或监管需要，对违法所得的计算方法进行细化或调整。
三、实践中的操作与考量
在行政处罚实践中，对于违法所得的计算，除了遵循法律法规的规定外，还需考虑以下因素：
违法行为的性质与情节：不同性质的违法行为，其违法所得的计算方法可能有所不同。例如，对于欺诈性违法行为，可能更倾向于采用“全部收入说”，以更严厉地打击违法行为；而对于一些轻微的、非故意的违法行为，可能在一定程度上考虑扣除成本。
当事人的主观故意与过错程度：当事人的主观故意和过错程度也是影响违法所得计算的重要因素。如果当事人存在故意或重大过失，可能更倾向于采用“全部收入说”；如果当事人过错较轻，且能够积极配合调查、主动纠正违法行为，可能在计算违法所得时给予一定程度的考虑。
四、建议与注意事项
严格遵守法律法规：在计算违法所得时，必须严格遵守相关法律法规的规定，不得擅自扣除成本或费用。
综合考虑多种因素：在遵循法律法规的前提下，可以综合考虑违法行为的性质、情节、当事人的主观故意与过错程度等因素，对违法所得的计算进行适当调整。但这种调整必须在法律法规允许的范围内进行，且需有充分的理由和依据。
咨询专业律师：如果您在行政处罚过程中遇到违法所得计算的问题，建议咨询专业律师以获取更具体、更准确的法律意见。
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